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Molecular factors associated with pathogenicity of Phytophthora cinnamomi
| dc.contributor.author | Lourenço, Darling de Andrade | |
| dc.contributor.author | Moura de Leon, Priscila Marques | |
| dc.contributor.author | Santos, Luís | |
| dc.contributor.author | Choupina, Altino | |
| dc.date.accessioned | 2020-02-24T15:09:52Z | |
| dc.date.available | 2020-02-24T15:09:52Z | |
| dc.date.issued | 2019 | |
| dc.description.abstract | Phytophthora cinnamomi is soil pathogen that has a wide range of hosts in several countries and different climates. This fungus is responsible for the chestnut ink disease (Castanea sativa Miller) and death of the tree. Portugal stands out in the production of the European chestnut tree. However, between 2002 and 2004, there was a decrease of 27.3% in the distribution area of this tree due to P. cinnamomi. The aim of this study was to identify molecular factors possibly associated with the fungal pathogenicity through genomic sequences deposited at NCBI using bioinformatics tools. The first contig was used and the OFRs present in de sequences were identified. SmartBlast was used for homologous proteins. The prediction of cellular localization prediction of proteins was performed using four different tools: SignalP 4.1, Cello v.2.5, LOCTree3, Euk-mPLoc 2.0. Protein domains characterization was accomplished using PROSITE and the structure prediction was performed using Phyre2 server. We found 13 proteins probably associated with the pathogenicity of P. cinnamomi and its properties related to the infection were analyzed in silico. These results are important since they are a first step in the search for pathogenic factors. | pt_PT |
| dc.description.abstract | Phytophthora cinnamomi é um patógeno do solo que possui uma ampla gama de hospedeiros em diversos países de diferentes climas. Esse fungo é responsável pela doença da tinta do castanheiro europeu (Castanea sativa Miller) e conduz à morte da árvore. Portugal se destaca na produção do castanheiro europeu. Entretanto, entre 2002 e 2004, houve uma redução de 27.3% na área de distribuição dessa área devido ao P. cinnamomi. O objetivo deste trabalho foi identificar fatores moleculares possivelmente associados à patogenicidade do fungo através de sequências genômicas depositadas no NCBI utilizando ferramentas de bioinformática. O primeiro contig foi utilizado e as ORFs presentes nas sequências foram identificadas. Foi utilizado o smartBlast em busca de proteínas homólogas. A predição da localização celular das proteínas foi feita através de quatro ferramentas: SignalP 4.1, Cello v.2.5, LOCTree3, Euk-mPLoc 2.0. A caracterização dos domínios dos produtos foi realizada utilizando o PROSITE e a predição das estruturas foi realizada utilizando o servidor Phyre2. Foram encontradas 13 proteínas provavelmente associadas com a patogenicidade de P. cinnamomi e as suas propriedades relacionadas com a infecção foram analisadas in silico. Esses resultados são importantes uma vez que são uma primeira etapa na busca por fatores patogênicos. | pt_PT |
| dc.description.sponsorship | The authors are grateful to Polytechnic Institute of Bragança (IPB) and especially to the Agricultural College of Bragança (IPB) for providing support to carry out this work. | pt_PT |
| dc.description.version | info:eu-repo/semantics/publishedVersion | pt_PT |
| dc.identifier.citation | Darling de Andrade Lourenço, Priscila Marques Moura de Leon, Luís Santos & Altino Branco Choupina (2019). Molecular factors associated with pathogenicity of Phytophthora cinnamomi. Revista de Ciências Agrárias, 42(4): 1059-1070 | pt_PT |
| dc.identifier.doi | 10.19084/rca.18577 | pt_PT |
| dc.identifier.issn | 0871-018X | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10198/20669 | |
| dc.language.iso | eng | pt_PT |
| dc.peerreviewed | yes | pt_PT |
| dc.publisher | Sociedade de Ciências Agrárias de Portugal | pt_PT |
| dc.relation.ispartofseries | 4; | |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ | pt_PT |
| dc.subject | Chestnut ink disease | pt_PT |
| dc.subject | Oomycetes | pt_PT |
| dc.subject | Infection | pt_PT |
| dc.subject | Bioinformatics | pt_PT |
| dc.title | Molecular factors associated with pathogenicity of Phytophthora cinnamomi | pt_PT |
| dc.title.alternative | Fatores moleculares associados com a patogenicidade de Phytophthora cinnamomi | pt_PT |
| dc.type | journal article | |
| dspace.entity.type | Publication | |
| oaire.citation.conferencePlace | Lisboa, Portugal | pt_PT |
| oaire.citation.endPage | 1070 | pt_PT |
| oaire.citation.issue | 42 | pt_PT |
| oaire.citation.startPage | 1059 | pt_PT |
| oaire.citation.title | Revista de Ciências Agrárias | pt_PT |
| oaire.citation.volume | 4 | pt_PT |
| person.familyName | Santos | |
| person.familyName | Choupina | |
| person.givenName | Luís | |
| person.givenName | Altino | |
| person.identifier | 587972 | |
| person.identifier.ciencia-id | 1A14-77FC-9656 | |
| person.identifier.orcid | 0000-0002-7571-8020 | |
| person.identifier.orcid | 0000-0002-3956-9398 | |
| person.identifier.rid | L-5382-2014 | |
| person.identifier.scopus-author-id | 14051602500 | |
| rcaap.rights | openAccess | pt_PT |
| rcaap.type | article | pt_PT |
| relation.isAuthorOfPublication | 2196aed5-c7de-48dd-9dfa-16b5c14c1668 | |
| relation.isAuthorOfPublication | 314b895b-a5e2-4a92-9bc6-dd708c819be4 | |
| relation.isAuthorOfPublication.latestForDiscovery | 2196aed5-c7de-48dd-9dfa-16b5c14c1668 |