Browsing by Author "Henriques, Dora"
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- Abelha melífera dos Açores: estudo epidemiológicaPublication . Lopes, Ana; Miranda, Joachim; Martín-Hernández, Raquel; Henriques, Dora; Pinto, M. AliceOs Açores são um local único para estudos epidemiológicos da abelha devido à distribuição heterogénea de um dos principais responsáveis pelo seu declínio mundial: Varroa destructor. Ademais, o fungo Nosema ceranae e vários vírus têm sido apontados como um problema sanitário. Assim, este é o primeiro estudo epidemiológico nos Açores para avaliar o estatuto da N. ceranae e os mais importantes vírus das abelhas: BQCV1, SBV2, CBPV3, LSV4, DWV5, AKI6 e BeeMLV7. Analisaram-se 474 amostras de oito das nove ilhas em 2014/2015 e 92 de quatro ilhas em 2020. O ADN e ARN foram extraídos e o diagnóstico e carga viral foram obtidos por RT-qPCR. Apenas Flores e Sta Maria não têm Nc, nas restantes ilhas a carga é variável, ocorrendo um aumento significativo em S. Jorge e Terceira em 2020. Os vírus BQCV e LSV estão em todas as ilhas amostradas sendo as cargas virais significativamente diferentes entre elas. Relativamente ao LSV, Flores apresentou a carga mais baixa e Pico a mais elevada. SBV existe apenas no Faial e Pico, sem diferenças nas cargas. CBPV tem prevalências baixas, tendo sido detetado no Pico, S. Miguel, Graciosa, Terceira, Faial, com cargas elevadas, à exceção de Graciosa e Pico. S. Jorge e Terceira não têm DWV, sendo que as restantes têm prevalências variáveis e cargas virais diferentes em ambos os anos. AKI e BeeMLV não foram detetados. Este estudo mostra que os Açores são um local privilegiado para a apicultura, com várias ilhas livres dos principais patógenos que afligem a abelha melífera no mundo.
- Adaptação local na abelha ibéricaPublication . Henriques, Dora; Wallberg, Andreas; Chávez-Galarza, Julio; Neves, Cátia J.; Costa, Filipe Oliveira; Webster, Matthew T.; Pinto, M. AlicePerceber a base genética do processo de adaptação permite uma previsão de como os organismos poderão responder a mudanças ambientais. A sequenciação de genomas a baixo custo, juntamente com os avanços das ferramentas estatísticas e computacionais possibilitam a compreensão da base genética da adaptação. O objectivo deste trabalho é o estudo da adaptação local da abelha ibérica, tendo como base algoritmos que permitem a incorporação de dados genéticos e ambientais. A Península Ibérica constituiu um local de interesse para este tipo de estudos por ser constituída por uma diversidade climática como Mediterrânico e Atlântico. Foram sequenciados 86 genomas de indivíduos distribuídos em 3 transectos (Atlântico, Central e Mediterrâneo) de forma a representar a diversidade climática existente na Península Ibérica. Em cada ponto de amostragem os dados de latitude e longitude foram recolhidos e variáveis ambientais foram retiradas das bases de dados WorldClim e Climatic Research Unit. Os métodos LFMM e Samβada, que integram informação genética e ambiental foram utilizados para procurar sinais de selecção. A vantagem destes métodos é que se pode perceber quais as variáveis ambientais que exercem uma pressão selectiva e que genes estão associados a cada variável. No total foram identificados 1289449 SNPs, dos quais 2193 mostraram estar significativamente associados com variáveis ambientais. Estes estão localizados em 826 genes. No conjunto das variáveis ambientais utilizadas, a longitude, latitude e precipitação apresentaram um maior num de SNPs associados. Foram encontrados genes com diversas funções, por exemplo quatro genes parecem relacionados com o desenvolvimento do sistema imunitário e este encontram associados à longitude, para a latitude proteínas de ligação parecem ser predominantes, já na precipitação aparecem genes relacionados com a morfogénese, actividade transportadora transmembranar e actividade olfactória. Este estudo representa primeira tentativa de compreender a base genética da adaptação local a partir de genomas completos.
- An unprecedented large-scale survey of honey bee mitochondrial diversity in Europe: c-lineage dominance and the need for conservation effortsPublication . Li, Fernanda; Costa, Maíra; Lopes, Ana Rita; Gonçalves, Telma; Henriques, Dora; Quaresma, Andreia; Yadró Garcia, Carlos A.; Albo, Alexandre; Blažytė-Čereškienė, Laima; Brodschneider, Robert; Brusbardis, Valters; Carreck, Norman L.; Charistos, Leonidas; Chlebo, Robert; Coffey, Mary F.; Dahle, Bjørn; Danneels, Ellen; Dobrescu, Constantin; Dupleix-Marchal, Anna; Filipi, Janja; Gajda, Anna; Gratzer, Kristina; Groeneveld, Linn Fenna; Hatjina, Fani; Johannesen, Jes; Kolasa, Michal; Körmendy-Rácz, János; Kovačić, Marin; Kristiansen, Preben; Martikkala, Maritta; McCormack, Grace P.; Martín-Hernández, Raquel; Pavlov, Borce; Pietropaoli, Marco; Poirot, Benjamin; Radev, Zheko; Raudmets, Aivar; René-Douarre, Vincent; Roessink, Ivo; Škerl, Maja Ivana Smodiš; Soland-Reckeweg, Gabriele; Titera, Dalibor; Steen, Jozef van der; Varnava, Andri; Vejsnæs, Flemming; Webster, Matthew T.; Fedoriak, Mariia M.; Zarochentseva, Oksana; Graaf, Dirk C.; Pinto, M. AliceEurope is home to ten Apis mellifera subspecies, which belong to three mitochondrial lineages: the Western European (M), Eastern European (C), and African (A). However, the long-standing human-mediated movement of queens, primarily of C-lineage ancestry, has threatened the genetic integrity of many of these native subspecies through introgression and replacement. This has led to the establishment of conservation programs to recover the native lines in some European countries. The maternally-inherited mitochondrial DNA (mtDNA), particularly the highly polymorphic intergenic region tRNAleu-cox2, has been the marker of choice for assessing honey bee variation and introgression at large geographical scales. Herein, we will show the results of the tRNAleu-cox2 variation obtained from over 1200 colonies sampled across the range of the ten subspecies and covering 33 European countries. These revealed that apart from a few countries (Portugal, Spain, and Ireland) and isolated protected populations, European populations are predominantly dominated by C-lineage haplotypes, and many native subspecies exhibit a signature of C-derived introgression. In conclusion, this unprecedented survey of honey bee diversity across Europe underscores the concerning dominance of C-lineage genetic variation, highlighting the urgent need for strategic conservation efforts to preserve the native genetic diversity of Apis mellifera.
- Análisis de introgresión en Apis mellifera iberiensis y Apis mellifera mellifera usando polimorfismos de nucleótidos simples (SNPs)Publication . Chávez-Galarza, Julio; Henriques, Dora; Johnston, J. Spencer; Rufino, José; Pinto, M. AliceDiferentes estudios basados en marcadores morfométricos, ecolégicos, microsatélites y mtDNA han agrupado las subespecies de A. mellifera en cuatro linajes evolutivos: Africano (A), Medio Oriente (O), Este y Centro de Europa (C), Norte y Oeste de Europa (M). El linaje M está representado por las subespecies A. m. iberiensis y A. m. mellifera, cuya distribución es la Peninsula lbérica y desde los Pirineos hacia el Norte de Europa respectivamente. Durante las últimas décadas, la introducción masiva de subespecies del linaje C por parte de los apicultores ha ocasionado un elevado flujo génico y más aún el casi complete remplazamiento de A. m. mellifera, como ha sido reportado para Alemania. Por tanto, el análisis de los niveles de introgresión en programas de cría y conservación es de vital importancia para evitar la pérdida de diversidad genética y la sustitución de especies nativas. Este estudio busca identificar los niveles cle introgresión de subespecies del linaje C en las subespecies pertenecientes al linaje M a través de un análisis amplio del genoma usando SNPs. Para ello se genotiparon 711 individuos de A. m. iberiensis y 88 de A. m. mellifera con 1536 SNPs. Las subespecies de linaje C A. m. ligustica y A. m. carnica se usaron como referencia. Los niveles de introgresión fueron evaluados usando un método de agrupamiento Bayesiano implementado en el software STRUCTURE. Nuestros resultados indicaron que la introgresión en A. m iberiensis no es significativa, a diferencia de A. m. mellifera que presentó de 8% a 30% de introgresión. Considerando que muchas de las muestras de A. m. mellifera son provenientes de poblaciones integradas en programas de conservación en el Norte de Europa, este resultado evidencia el profundo contraste entre las dos subespecies del linaje M con respecto a su estado de conservación.
- Análisis de introgresión en Apis mellifera iberiensis y Apis mellifera mellifera usando polimorfismos de nucleótidos simples (SNPs)Publication . Chávez-Galarza, Julio; Henriques, Dora; Johnston, J. Spencer; Rufino, José; Pinto, M. AliceDiferentes estudios han agrupado las subespecies de A. mellifera en cuatro linajes evolutivos basados sobre marcadores morfométricos, ecológicos, microsatélites y mtDNA: Africano (A), Medio Oriente (O), Este y Centro de Europa (C), Norte y Oeste de Europa (M). El linaje M está representado por las subespecies A. m. iberiensis y A. m. mellifera, cuya distribución es la Península Ibérica para la primera y desde los Pirineos hacia el Norte de Europa para la segunda. Durante las últimas décadas, la introducción masiva de subespecies del linaje C por apicultores ha ocasionado un fuerte flujo génico y más aún al casi completo remplazamiento de A. m. mellifera, como ha sido reportado para Alemania. Por tanto, el análisis de niveles de introgresión en programas de crianza y conservación es de vital importancia para evitar la perdida de diversidad genética y sustitución de especies nativas. Este estudio busca identificar los niveles de introgresión de subespecies del linaje C en las subespecies pertenecientes al linaje M a través de un análisis amplio del genoma usando SNPs. Para 711 individuos correspondiente a A. m. iberiensis y 88 individuos A. m. mellifera fueron genotipados 1536 SNPs. Las subespecies de linaje C A. m. ligustica y A. m. carnica fueron usados como poblaciones de referencia. Los niveles de introgresión fueron evaluados usando un método de agrupamiento Bayesiano implementado en el software STRUCTURE. Nuestros resultados indicaron que la introgresión en A. m .iberiensis no es significante, a diferencia en A. m. mellifera que presentó de 8% a 30% de introgresión. Considerando que muchas de las muestras de A. m. mellifera son provenientes de poblaciones integradas en programas de conservación en el Norte de Europa, este resultado evidencia el profundo contraste entre las dos subespecies del linaje M con respecto a su estado de conservación.
- Applying a SNP-based tool for conservation of wild and managed black bees in IrelandPublication . Browne, Keith A.; Henriques, Dora; Pinto, M. Alice; Native Irish Honey Bee Society; McCormack, Grace P.Apis mellifera mellifera (Amm) is threatened over much of its natural range. However, in Ireland microsatellite and mitochondrial data have shown that a significant population of this subspecies exists in pure form and is spread over a large geographical region on the Island. Black bees have been managed and protected by beekeepers on the island, some of whom formed the Native Irish Honeybee Society (NIHBS)in 2012 and a breeding programme was initiated for Amm in 2014/2015. The application of a SNP panel that detects hybridization between M and C lineages clearly supports other data showing that the majority of beekeepers included in the breeding programme indeed have bees with very low to no introgression from the C lineage. Furthermore, SNP data has also been applied to the first feral bee colonies located in Ireland subsequent to the introduction of Varroa. Here we will present on the use of molecular data as an aid to manage and conserve honeybees in Ireland, and to elucidate patterns in colour variation and honeybee subspecies purity in wild and managed bees with a view towards improving conservation approaches in the face of a potential hybridization threat.
- Applying molecular tools for conservation of wild and managed black bees in IrelandPublication . Browne, Keith A.; Henriques, Dora; Hassett, Jack; Geary, Michael; Moore, E.; Pinto, M. Alice; Native Irish Honey Bee Society; McCormack, Grace P.Apis mellifera mellifera (black bees) is threatened over much of its natural range. However, in Ireland microsatellite and mitochondrial data have shown that a significant population of this subspecies exists in pure form and spread over a large geographical region on the Island. Black bees have been managed and protected by beekeepers on the island, some of who formed the Native Irish Honeybee Society in 2012. The application of a SNP panel that detects hybridization between M and C lineages clearly supports other data in that the majority of beekeepers included who purported to keep black bees indeed have bees that show very low to no introgression from the C lineage. Furthermore, SNP data has also been applied to the first feral bee colonies located in Ireland subsequent to the introduction of Varroa. Long considered extinct, feral bees sampled to date show high levels of A. m. mellifera purity using SNPs. Here we will present this data and also discuss the use of this SNP panel to elucidate patterns in colour variation and honeybee subspecies purity in wild and managed bees towards improving conservation approaches in the face of potential hybridization threat.
- Applying reduce SNP assays for inferring C-lineage introgression patterns in Iberian honeybee populations of the Azores archipelagoPublication . Lopes, Ana; Neves, Cátia J.; Ferreira, Helena; Henriques, Dora; Quaresma, Andreia; Martín-Hernández, Raquel; Azevedo, João; Pinto, M. AliceThe genetic composition of the honeybee populations of the Macaronesian archipelago of the Azores is poorly known. Until now, only honeybee populations of the island of São Miguel have been surveyed for genetic variation through the use of the tRNAleu-cox2 intergenic mitochondrial DNA region and microsatellites. Here, we combine data from the mtDNA obtained with the DraI test (intergenic region) and from the nuclear DNA obtained with newly developed reduced SNP assays to provide a complete picture of introgression patterns in the Azorean honeybee populations at both mitochondrial and nuclear compartments. The sampling was carried out in 2014 and 2015 and comprised 474 colonies widely distributed across the 8 islands populated by honeybees. Our cyto-nuclear results show that C-derived introgression varies across the archipelago ranging from virtually pure populations of the Iberian honeybee in the island of Santa Maria (Q-values <5%) to highly introgressed populations in the island of Graciosa (Q-values>30%). The introgression levels are alarming and contrast with those of the Iberian honeybee populations of the mainland in Iberia, which are still virtually free of C-derived introgression, despite frequent importation of commercial queens.
- Autent+ Desenvolvimento de abordagem inovadoras com vista à valorização e exploração do potencial de mercado do mel PortuguêsPublication . Amaral, Joana S.; Quaresma, Andreia; Rodrigues, Pedro João; Rufino, José; Henriques, Dora; Calaim, Luís; Gaspar, Albino; Pinto, M. AliceA FENAPICOLA candidatou-se, como proponente, a uma medida de investigação aplicada, tendo convidado o Instituto Politécnico de Bragança (IPB) como entidade parceira, envolvendo este último uma equipa multidisciplinar de 6 investigadores provenientes dos centros de investigação CIMO (Centro de Investigação de Montanha) e CEDRI (Centro de Investigação em Digitalização e Robótica Inteligente). Assim foi criado o projeto AUTENT+, um projeto financiado pelo Instituto de Financiamento da Agricultura e Pescas (IFAP), em resultado da candidatura submetida ao Plano Apícola Nacional (PAN) 2020/2022, medida 5.1 "Apoio a projetas de investigação aplicada”. O AUTENT + tem como principal objetivo a valorização do mel nacional como um produto autêntico e sustentável, através de abordagens que visam diferenciar, acrescentar valor e o potencial de mercado a este produto. Para tal, o projeto centra-se no desenvolvimento de metodologias inovadoras com vista à deteção de adulterações do mel, em particular no que respeita à origem botânica e entomológica/geográfica, e no desenvolvimento de ferramentas que permitam , de uma forma simples, informar o consumidor sobre as caraterísticas do produto que adquirem.
- Bee3Pomics: utilização das “Omics” no estudo dos efeitos dos pesticidas na abelha melíferaPublication . Henriques, Dora; Yadró Garcia, Carlos A.; Lopes, Ana; Rufino, José; Rosa-Fontana, Annelise; Pinto, M. AliceOs pesticidas podem ter efeitos adversos em organismos não alvo, tais como os insetos polinizadores. Para estudar esses efeitos, são realizadas avaliações de risco quando novas moléculas são homologadas. A abelha melífera (Apis mellifera) tem sido usada como organismo modelo nessas avaliações. No entanto, o impacto da variação genética intraespecífica na sensibilidade toxicológica ainda é desconhecido. As 'omics' prometem ser uma ferramenta útil para abordar esse problema. Este projeto tem dois grandes objetivos. Primeiro, pretende-se utilizar mais de 2000 genomas de 11 das 31 subespécies de abelhas descritas para estudar a diversidade genética nos genes de detoxificação (famílias P450, glutationa-S-transferases, carboxilesterases, UDPglucuronosiltransferase, transportadores ABC). Em segundo lugar, pretende-se compreender os efeitos moleculares da exposição aos pesticidas. Para isso, serão coletados dados de pesticidas de 315 apiários distribuídos pelos 27 países da União Europeia. Indivíduos desses mesmos apiários serão sequenciados, e os dados genómicos serão integrados com os dados dos pesticidas através de testes de Associação Genética- Ambiente (GEA). As variantes resultantes desta análise, quando não sinónimas, serão validadas por modelação de proteínas.