Browsing by Author "Choupina, Altino"
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- An overview of the bioactive compounds, therapeutic properties and toxic effects of apitoxinPublication . Pascoal, Ananias; Estevinho, Maria Manuela; Choupina, Altino; Sousa-Pimenta, Mário; Estevinho, Leticia M.Apitoxin, also known as bee venom (BV), is produced in two specialized abdominal glands of worker bees and is used as a defence weapon of bees’ colony (Choi et al., 2015; Zhang et al., 2016). In addition, this natural product has been used since the ancient times to relieve pain and to treat chronic inflammatory diseases such as rheumatoid arthritis, tendinitis, bursitis, skin conditions and even neurologic disorders (Moreno and Giralt, 2015). This natural product is a light-yellow liquid, characterized by a bitter taste, pungent smell and a pH ranging from 4.5 to 5.5 (Eze et al., 2016; Hossen et al., 2017). Some studies have described that 88% of BV is water, yet its specific composition varies depending on bee’ species and season (Moreno and Giralt, 2015). Indeed, BV has been reported to contain a complex of biologically active compounds among which enzymes (phospholipase A2 [PLA2], lysophospholipase, hyaluronidase, acid phosphomonoesterase; α-glucosidase, dipeptidyl peptidase IV and vitellogenin), peptides (melittin [MLT], apamin, mast cell degranulating [MCD], mastocytolytic peptide, scapin, adolapin, minimine; apidaecin; tertiapin; melittin F; cadiopep; procamine A, B, pamine, and proteaseinhibitors), biogenic amines (histamine, dopamine, noradrenaline, norepinephrine, neurotransmitters) and other compounds such as amino acids (γ-aminobutyric acid, α-amino acids), carbohydrates (glucose, fructose), pheromones (Iso-pentyl acetate, n-buttyl acetate, iso-pentanol, n-hexyl acetate, n-octyl acetate, 2-nonanol, n-decyl acetate, benzyl acetate, benzyl alcohol and (2)-11 –eicosen-1-ol) and minerals (P, Ca and Mg) (Nguyen et al., 2015; Tusiimire et al., 2015; Rady et al., 2017; Moga et al., 2018; Lee et al., 2018). Among these compounds, MLT is the main therapeutic ingredient of BV, representing between 40 and 60% of the dry weight (Abd-Elhakim et al., 2014).
- Análise bioinformática da estrutura e função da informação biológicaPublication . Choupina, Altino; Deusdado, SérgioO conhecimento derivado das tecnologias genómicas e computacionais aumenta em progressão geométrica. A compreensão dessa avalanche de dados está intimamente vinculada ao formidável desenvolvimento na área da bioinformática. Ao possibilitar a avaliação global dessa extraordinária quantidade de dados, a bioinformática tem acelerado consideravelmente as descobertas científicas. No software de análise do genoma podem encontrar-se diversos pacotes de programas, os quais acompanham todo o processo desde a receção dos gráficos provenientes do sequenciador até à publicação dos dados em bases de dados on-line. Estas características, juntamente com o acesso grátis para académicos, a compatibilidade de ficheiros, e a sua data de conceção são os principais fatores de seleção nas escolhas realizadas.
- Biochemical and molecular classification of yeasts from Trás-os-Montes honeyPublication . Carvalho, Marisa; Pinhel, Isabel; Rocha, Amélia; Choupina, Altino; Estevinho, Leticia M.Anexo
- Bioinformática aplicada à caracterização de íntronsPublication . Lourenço, Darling de Andrade; Choupina, AltinoÍntrons são sequências intervenientes de nucleotídeos que estão presentes no genoma. São caracterizadas por dividir os genes em éxons, que são as regiões codificantes. Os íntrons não são codificados no processo de tradução do DNA, uma vez que são removidos num processo anterior, denominado splicing. Apesar de não serem sequências codificantes, apresentam funções importantes nos organismos e mutações nessas sequências podem gerar danos, como doenças. Nesse sentido, a bioinformática mostra-se como uma ferramenta promissora na caracterização de íntrons: sítios de splicing, junções de éxons, sequências intrônicas em DNA genômico, entre outros. O objetivo deste estudo foi apresentar algumas ferramentas de bioinformática, disponíveis na web, para a caracterização de íntrons. Com recurso à literatura científica, quatro ferramentas foram escolhidas para a discussão: DNA functional site miner, NNSPLICE, GENSCAN e Human Splicing Finder. Essas ferramentas utilizam diferentes algoritmos para a predição sítios de splicing, junções íntrons-éxons, predição múltiplos genes em sequências parciais e completas e também para a predição de mutações em íntrons e variantes de genes. Concluímos que as ferramentas se complementam entre si e que depende da situação em que se deseja utilizar. Além disso, as predições in silico são relevantes e promissoras, mas baseadas em estatísticas, o que não descarta a necessidade de validação in vivo.
- Bioinformática: uma lista de recursos disponíveisPublication . Borga, João; Correia, Ricardo; Choupina, AltinoEnquanto temos a compreensão básica do funcionamento do gene quando codifica sequencias de proteínas especificas, sente-se a falta de informação relativa ao papel que 0 ADN tem em doenças especificas ou nas funções de milhares de proteínas que são produzidas. Os métodos utilizados na recolha, armazenamento, identificação, analise e correlação desta imensa e complexa informação , estão reunidos numa área científica designada por bioinformática.
- Bioinformatics tools for identification of pathogenic factorsPublication . Choupina, AltinoThe culture of the chestnut tree is extremely important in the northern region of Portugal, occupying a significant! proportion of useful agricultural area. The annual average chestnut production in Portugal can reach 20 000 tons. New plantation areas have increased in the last law decades. However the ink disease caused by the oomycete Phytophthora cinnamomi has damage and killed many trees and up to now no concrete solutions have been offered to control the illness. As a consequence, the disease propagation in the orchards 01 chestnut trees has been causing severe productivity and yield breaks. ln addition to the economical lasses, the importance of sociological and landscape aspects for the region cannot be neglected
- Bioinformatics: new tools and applications in life science and personalized medicinePublication . Branco, Iuliia; Choupina, AltinoWhile we have a basic understanding of the functioning of the gene when coding sequences of specific proteins, we feel the lack of information on the role that DNA has on specific diseases or functions of thousands of proteins that are produced. Bioinformatics combines the methods used in the collection, storage, identification, analysis, and correlation of this huge and complex information. All this work produces an “ocean” of information that can only be “sailed” with the help of computerized methods. The goal is to provide scientists with the right means to explain normal biological processes, dysfunctions of these processes which give rise to disease, and approaches that allow the discovery of new medical cures. Recently, sequencing platforms, a large scale of genomes and transcriptomes, have created new challenges not only to the genomics but especially for bioinformatics. The intent of this article is to compile a list of tools and information resources used by scientists to treat information from the massive sequencing of recent platforms to new generations and the applications of this information in different areas of life sciences including medicine.
- Capacidade da farinha de castanha para produção de extrudidosPublication . Choupina, Altino; Lopes-da-Silva, M.F.; Santos, Luís; Costa, Luísa Beirão daO objectivo deste trabalho foi estudar as possibilidades tecnológicas de produção de extrudidos à base de farinha de castanha. Usou-se uma extrusora de parafuso único. Numa primeira etapa (teste A), testaram-se diferentes proporções de mistura de farinha de castanha e de milho, e, nas diferentes misturas foram ensaiados o teor de humidade e a temperatura de processamento. Avaliaram-se os produtos extrudidos quanto à taxa de expansão, quanto ao perfil de viscosidades obtido com o amilógrafo e quanto à textura estimada pelos parâmetros força e energia de ruptura recorrendo a um texturómetro. Numa segunda etapa (teste B), fixou-se a composição de 100% de farinha de castanha, e testou-se a velocidade do parafuso. Os extrudidos obtidos foram avaliados como foi referido anteriormente. O delineamento experimental considerou assim três fatores (X1- humidade inicial das misturas, X2- temperatura de processamento e X3- incorporação de farinha de castanha no teste A ou velocidade do parafuso no teste B), com cinco níveis por fator e seis repetições para o ponto central. A farinha de castanha crua apresentou uma temperatura de gelatinização relativamente baixa (59 °C) e originou pastas de viscosidade elevada. O seu amido apresentou uma concentração de amilose de 43%, caracterizando-se por uma relação amilose/amilopectina de 0,75, a qual é superior à da maioria dos amidos dos cereais. O comportamento amilográfico das misturas e as características de textura dos extrudidos mostraram que a farinha de castanha tem potencial para ser utilizada como ingrediente na formulação de alimentos cozidos extrudidos. A análise sensorial revelou significativa aceitabilidade pelos elementos do painel para produtos processados a baixa humidade e temperatura intermédia.
- Características genómicas dos principais microrganismos produtores de DNA polimerase: aplicação para PCRPublication . Lourenço, Darling de Andrade; Choupina, AltinoO conjunto de enzimas denominadas DNA polimerases são responsáveis pela síntese e reparação de ácido desoxirribonucleico (DNA). Essa característica é muito útil para ensaios em biologia molecular nos quais há a necessidade de amplificar fragmentos de DNA, como na Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Na PCR, um fragmento de DNA delimitado por primers específicos é amplificado pela ação de DNA polimerase num processo com vários ciclos. Nos primeiros anos, a realização da técnica necessitava de grandes volumes dessa enzima, uma vez que a mesma não resistia as altas temperaturas. Após a descoberta das DNA polimerases em microrganismos termófilos e hipertermófilos, ou seja, resistentes à alta temperatura, a técnica de PCR foi refinada até chegar ao que é conhecido atualmente. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi realizar pesquisas nas bases de dados de literatura científica PubMed e Science Direct e identificar os principais microrganismos produtores das DNA polimerases comercializadas atualmente. Foram escolhidos os seguintes microrganismos: Thermus aquaticus, Pyrococcus furiosus¸ Thermococcus litoralis e Thermotoga maritima. A partir da utilização do banco de dados de genoma do NCBI, as características de genómica estrutural e funcional de cada um são apresentadas, bem como a genómica comparativa entre os quatro microrganismos. As sequências de aminoácidos das DNA polimerases destes microrganismos foram alinhadas através da ferramenta ClustalW para caracterização filogenética. Apesar das diferenças evolutivas, as DNA polimerases apresentam a mesma atividade base em todos os organismos, variando apenas em características de acordo com a família à qual pertencem. No entanto, a DNA polimerase de Thermus aquaticus, Taq polimerase, é a mais utilizada devido ao seu custo/benefício ser melhor em comparação com as outras.
- Characterization of a glucanase inhibitor protein from Phytophthora cinnamomi involved in plant responsesPublication . Martins, I.M.; Martins, Fátima; Belo, Hélio; Vaz, Madalena; Choupina, AltinoOomycetes from the genus Phytophthora are fungos-likeplant pathogens that are devastating fr agriculture and natural ecosystems. Due to their partucular physiological characteristics, no eficiente tratmentts, it against diseases caused by these microorganisms are presently available. To develop such treatments, it appears essential to dissect the molecular mechanisms that determine the interaction between Phytophthora speciesvand host plants.