2019 - Volume 6, nº 1
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Browsing 2019 - Volume 6, nº 1 by Author "Lourenço, Darling de Andrade"
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- Bioinformática aplicada à caracterização de íntronsPublication . Lourenço, Darling de Andrade; Choupina, AltinoÍntrons são sequências intervenientes de nucleotídeos que estão presentes no genoma. São caracterizadas por dividir os genes em éxons, que são as regiões codificantes. Os íntrons não são codificados no processo de tradução do DNA, uma vez que são removidos num processo anterior, denominado splicing. Apesar de não serem sequências codificantes, apresentam funções importantes nos organismos e mutações nessas sequências podem gerar danos, como doenças. Nesse sentido, a bioinformática mostra-se como uma ferramenta promissora na caracterização de íntrons: sítios de splicing, junções de éxons, sequências intrônicas em DNA genômico, entre outros. O objetivo deste estudo foi apresentar algumas ferramentas de bioinformática, disponíveis na web, para a caracterização de íntrons. Com recurso à literatura científica, quatro ferramentas foram escolhidas para a discussão: DNA functional site miner, NNSPLICE, GENSCAN e Human Splicing Finder. Essas ferramentas utilizam diferentes algoritmos para a predição sítios de splicing, junções íntrons-éxons, predição múltiplos genes em sequências parciais e completas e também para a predição de mutações em íntrons e variantes de genes. Concluímos que as ferramentas se complementam entre si e que depende da situação em que se deseja utilizar. Além disso, as predições in silico são relevantes e promissoras, mas baseadas em estatísticas, o que não descarta a necessidade de validação in vivo.
- Características genómicas dos principais microrganismos produtores de DNA polimerase: aplicação para PCRPublication . Lourenço, Darling de Andrade; Choupina, AltinoO conjunto de enzimas denominadas DNA polimerases são responsáveis pela síntese e reparação de ácido desoxirribonucleico (DNA). Essa característica é muito útil para ensaios em biologia molecular nos quais há a necessidade de amplificar fragmentos de DNA, como na Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Na PCR, um fragmento de DNA delimitado por primers específicos é amplificado pela ação de DNA polimerase num processo com vários ciclos. Nos primeiros anos, a realização da técnica necessitava de grandes volumes dessa enzima, uma vez que a mesma não resistia as altas temperaturas. Após a descoberta das DNA polimerases em microrganismos termófilos e hipertermófilos, ou seja, resistentes à alta temperatura, a técnica de PCR foi refinada até chegar ao que é conhecido atualmente. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi realizar pesquisas nas bases de dados de literatura científica PubMed e Science Direct e identificar os principais microrganismos produtores das DNA polimerases comercializadas atualmente. Foram escolhidos os seguintes microrganismos: Thermus aquaticus, Pyrococcus furiosus¸ Thermococcus litoralis e Thermotoga maritima. A partir da utilização do banco de dados de genoma do NCBI, as características de genómica estrutural e funcional de cada um são apresentadas, bem como a genómica comparativa entre os quatro microrganismos. As sequências de aminoácidos das DNA polimerases destes microrganismos foram alinhadas através da ferramenta ClustalW para caracterização filogenética. Apesar das diferenças evolutivas, as DNA polimerases apresentam a mesma atividade base em todos os organismos, variando apenas em características de acordo com a família à qual pertencem. No entanto, a DNA polimerase de Thermus aquaticus, Taq polimerase, é a mais utilizada devido ao seu custo/benefício ser melhor em comparação com as outras.