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Authors
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Abstract(s)
Phytophthora cinnamomi, soil-borne pseudo fungi from the class of oomycete, not only representing a real threat to strategic cultures across the world but also in forestry. This pathogen is able to colonize roots of Castanea sativa causing ink disease. For that many studies are established to well understand the mechanism of infection by exogenous molecules secreted during contact with host cells. Those molecules have been identified thanks to the progress in molecular biology using technics like RNA Seq.
The Avr like genes expresses an RXLR protein family (Arginine-X-leucine-Arginine; X could be any amino acid), implicated in the pathogenicity of several pseudo-fungi of the genus Phytophthora, especially in Phytophthora infestans, Phytophthora sojae and Phytophthora palmivora. In this work, we isolate sequence, and characterize the Avr3a and Avr1b homologs in P. cinnamomi using molecular biology techniques such as PCR. In addition, we identified, in genomic sequences deposited in the databases, molecular factors involved in the metabolism and pathogenicity of P. cinnamomi using bioinformatics tools.
In order to better understand its role in the pathogenicity mechanism, interference RNA silencing cassettes were designed for the genes encoding AVR proteins.
cinnamomi, é um pseudo fungo do solo da classe dos oomicetos, que não só representam uma ameaça real para culturas agrícolas com importância econômica, mas também na silvicultura. Este patógeno é capaz de colonizar as raízes de Castanea sativa causando a doença de tinta. Face ao exposto, muitos estudos têm sido realizados com o objectivo de entender bem o mecanismo de infecção por moléculas exógenas secretadas durante o contato com células hospedeiras. Estas moléculas foram identificadas graças ao progresso da biologia molecular usando técnicas como o RNA Seq. Os genes AVR expressam uma família de proteínas RXLR (Arginina-X-leucina- Arginina; X pode ser qualquer aminoácido), implicada na patogenicidade de vários pseudo- fungos do gênero Phytophthora, especialmente em P. infestans, P. sojae e P. palmivora. Neste trabalho, isolamos, sequenciamos e caracterizamos os homólogos Avr3a e Avr1b em P. cinnamomi utilizando técnicas de biologia molecular como PCR. Além disso, identificamos, em sequências genómicas depositadas nas bases de dados, fatores moleculares envolvidos no metabolismo e patogenicidade de P. cinnamomi usando ferramentas de bioinformática. A fim de compreender melhor o seu papel no mecanismo de patogenicidade, foram desenhadas cassetes de silenciamento por ARN de interferência para os genes que codificam as proteínas AVR.
cinnamomi, é um pseudo fungo do solo da classe dos oomicetos, que não só representam uma ameaça real para culturas agrícolas com importância econômica, mas também na silvicultura. Este patógeno é capaz de colonizar as raízes de Castanea sativa causando a doença de tinta. Face ao exposto, muitos estudos têm sido realizados com o objectivo de entender bem o mecanismo de infecção por moléculas exógenas secretadas durante o contato com células hospedeiras. Estas moléculas foram identificadas graças ao progresso da biologia molecular usando técnicas como o RNA Seq. Os genes AVR expressam uma família de proteínas RXLR (Arginina-X-leucina- Arginina; X pode ser qualquer aminoácido), implicada na patogenicidade de vários pseudo- fungos do gênero Phytophthora, especialmente em P. infestans, P. sojae e P. palmivora. Neste trabalho, isolamos, sequenciamos e caracterizamos os homólogos Avr3a e Avr1b em P. cinnamomi utilizando técnicas de biologia molecular como PCR. Além disso, identificamos, em sequências genómicas depositadas nas bases de dados, fatores moleculares envolvidos no metabolismo e patogenicidade de P. cinnamomi usando ferramentas de bioinformática. A fim de compreender melhor o seu papel no mecanismo de patogenicidade, foram desenhadas cassetes de silenciamento por ARN de interferência para os genes que codificam as proteínas AVR.
Description
Mestrado de dupla diplomação com a Université Libre de Tunis
Keywords
RXLR protein family Ink disease Avr3a RNA interference Avr1b