Browsing by Author "Montes, Iratxe"
Now showing 1 - 7 of 7
Results Per Page
Sort Options
- Apis mellifera gut and head virome/microbiome survey: a spatio-temporal approachPublication . Zarraonaindia, Iratxe; Eouzan, Iris; Muñoz, Ana Marta; Neves, Cátia J.; Legout, Hélène; Delalande, Damien; Montes, Iratxe; Pinto, M. Alice; Vilas-Boas, Miguel; Ribout, Cécile; Gaboulaud, Jonathan; Houte, Sylvie; Colombet, Jonathan; Dubois, Eric; Garnery, Lionel; Biron, David G.; Estonba, AndoneThis study aims to characterize and monitor the pathogens and commensals associated to honeybee gut and head by combining classical and NGS methods. A two-year prospective investigation of the spatio-temporal dynamics of viruses, fungi and bacteria will be conducted at 6 honeybee conservation centers.
- Authoritative subspecies diagnosis tool for European honey bees based on ancestry informative SNPsPublication . Momeni, Jamal; Parejo, Melanie; Nielsen, Rasmus O.; Langa, Jorge; Montes, Iratxe; Papoutsis, Laetitia; Farajzadeh, Leila; Bendixen, Christian; Căuia, Eliza; Charrière, Jean Daniel; Coffey, Mary F.; Costa, Cecilia; Dall'Olio, Raffaele; De la Rúa, Pilar; Dražić, Marica Maja; Filipi, Janja; Galea, Thomas; Golubovski, Miroljub; Gregorc, Aleš; Grigoryan, Karina; Hatjina, Fani; Ilyasov, Rustem; Ivanova, Evgeniya Neshova; Janashia, Irakli; Kandemir, Irfan; Karatasou, Aikaterini; Kekecoglu, Meral; Kezic, Nikola; Matray, Enikö Sz; Mifsud, David; Moosbeckhofer, Rudolf; Nikolenko, Alexei G.; Papachristoforou, Alexandros; Petrov, Plamen; Pinto, M. Alice; Poskryakov, Aleksandr V.; Sharipov, Aglyam Y.; Siceanu, Adrian; Soysal, M. Ihsan; Uzunov, Aleksandar; Zammit Mangion, Marion; Vingborg, Rikke; Bouga, Maria; Kryger, Per; Meixner, Marina D.; Estonba, AndoneWith numerous endemic subspecies representing four of its five evolutionary lineages, Europe holds a large fraction of Apis mellifera genetic diversity. This diversity and the natural distribution range have been altered by anthropogenic factors. The conservation of this natural heritage relies on the availability of accurate tools for subspecies diagnosis. Based on pool-sequence data from 2145 worker bees representing 22 populations sampled across Europe, we employed two highly discriminative approaches (PCA and FST) to select the most informative SNPs for ancestry inference. Results: Using a supervised machine learning (ML) approach and a set of 3896 genotyped individuals, we could show that the 4094 selected single nucleotide polymorphisms (SNPs) provide an accurate prediction of ancestry inference in European honey bees. The best ML model was Linear Support Vector Classifier (Linear SVC) which correctly assigned most individuals to one of the 14 subspecies or different genetic origins with a mean accuracy of 96.2% ± 0.8 SD. A total of 3.8% of test individuals were misclassified, most probably due to limited differentiation between the subspecies caused by close geographical proximity, or human interference of genetic integrity of reference subspecies, or a combination thereof. Conclusions: The diagnostic tool presented here will contribute to a sustainable conservation and support breeding activities in order to preserve the genetic heritage of European honey bees.
- BEEHOPE: um projeto de conservação das subespécies nativas de abelha da Europa Ocidental (linhagem M) à escala EuropeiaPublication . Neves, Cátia J.; Vilas-Boas, Miguel; Rodrigues, Pedro João; Ventura, Paulo J.C.; Legout, Hélène; Douarre, Vincent; Houte, Sylvie; Odoux, Jean F.; Estonba, Andone; Miguel, Irati; Montes, Iratxe; Sime-Ngando, Télesphore; Dealbac, Frédéric; Labat, Jean-Charles; Champin, Luc; Colombet, Jonathan; Guyot, Samuel; Mallet, Noel; Grenier, Claude; Biron, David G.; Garnery, Lionel; Pinto, M. AliceA abelha melífera, Apis mellifera L., é um organismo extremamente importante em termos económicos, agrícolas e ambientais pois presta um serviço ecossistémico essencial, como é o caso da polinização. Porém, um número crescente de factores tem ameaçado este organismo chave, incluindo a introdução de novos parasitas e predadores, a perda e fragmentação de habitat, a má nutrição, as alterações climáticas, os agroquímicos e a perda de diversidade genética. Em adição ao declínio mundial das populações de abelha melífera, a distribuição das subespécies nativas da Europa tem sido crescentemente ameaçada pelo comércio de abelhas de subespécies exóticas e até de linhas genéticas artificiais (e.g. buckfast). O comércio de abelhas tem conduzido não só ao estabelecimento de colónias inadaptadas e mantidas artificialmente, como também à introdução dos seus parasitas, com as consequências nefastas que daí advém. Vários estudos genéticos conduzidos na Europa têm revelado que muitas populações nativas de abelha melífera estão adaptadas ao clima e flora local. Essas populações são interessantes para serem estudadas e preservadas num contexto de uma apicultura sustentável. O projeto BEEHOPE, financiado pela BiodivERsA ERA-Net, pretende estabelecer, ao longo de um gradiente Norte/Sul, diversos apiários para a conservação do fundo genético das populações nativas de abelha melífera da Europa Ocidental. Estes apiários de conservação terão como missão: (i) servir de base à caracterização da diversidade genética e eco-etológica das abelhas da linhagem da Europa Ocidental (M), (ii) preservar a diversidade genética dessas populações, (iii) constituir uma reserva de diversidade para a indústria apícola e apicultores, (iv) servir para estudar o impacto da abelha domesticada na manutenção da diversidade florística local, e (v) servir de base à utilização da abelha como um bio-coletor e como bio-indicador da qualidade ambiental. Nesta comunicação o projeto BEEHOPE será apresentado, dando-se especial enfase à componente que está a ser desenvolvida em Portugal.
- BEEHOPE: um projeto de conservação das subespécies nativas de abelha da Europa Ocidental (linhagem M) à escala EuropeiaPublication . Neves, David; Vilas-Boas, Miguel; Rodrigues, Pedro João; Ventura, Paulo J.C.; Legout, Hélène; Douarre, Vincent; Houte, Sylvie; Odoux, Francois; Estonba, Andone; Miguel, Irati; Montes, Iratxe; Sime-Ngando, Télesphore; Dealbac, Frédéric; Labat, Jean-Charles; Champin, Luc; Colombet, Jonathan; Guyot, Samuel; Mallet, Noel; Grenier, Claude; Biron, David G.; Garnery, Lionel; Pinto, AliceO projeto BEEHOPE, com o título original “Honeybee conservation centres in western Europe - an innovative strategy using sustainable beekeeping to reduce honeybee decline”, foi um dos 10 aprovados na área da biodiversidade do 5º concurso transnacional (2013-2014) BiodivErsA/FACCE-JPI (http://www.biodiversa.org/766), subordinado ao tema “Promover sinergias e reduzir o compromisso entre o abastecimento de alimentos, biodiversidade e serviços dos ecossistemas”. A diversidade nativa das populações de abelha melífera (Apis mellifera) da linhagem da Europa ocidental (M) tem vindo a ser crescentemente ameaçada pela introdução massiva de colónias da linhagem da Europa oriental (C, onde se incluem as subespécies A. m. ligustica, A. m. carnica, A. m. macedónica etc.), e também por outros fatores bióticos (Varroa e vírus associados, Nosema etc.) e abióticos (pesticidas, perda e fragmentação de habitat, alterações climáticas etc.). É neste contexto que surge o projeto BEEHOPE, o qual tem por objetivo último contribuir para a conservação da diversidade genética das populações de abelha melífera da linhagem M.
- Honeybee preservation centers in Western Europe: an innovative strategy using sustainable beekeeping to reduce honeybee declinePublication . Vilas-Boas, Miguel; Pinto, M. Alice; Garnery, Lionel; Legout, Hélène; Douarre, Vincent; Houte, Sylvie; Odoux, Francois; Estonba, Andone; Miguel, Irati; Montes, Iratxe; Mallet, Noel; Grenier, Claude; Labat, Jean-Charles; Champin, Luc; Colombet, Jonathan; Guyot, Samuel; Sime-Ngando, Télesphore; Dealbac, Frédéric; Biron, David G.Apis mellifera is subdivided into at least 26 physiologically, behaviourally and morphologically distinct subspecies. As an agronomical species of interest, the natural distribution of honeybee subspecies has been disturbed for many decades by beekeeping activities, particularly because of international trade of honeybees. These movements were particularly amplified this last decade due to livestock rebuilding to counter the effects of colony losses. An interesting assumption is that current honeybee declines observed in European apiaries can be caused by commercial and European trades of honeybees by (i) the introduction (for their apicultural traits) of non- adapted and artificially maintained colonies, and (ii) the spread of allochtone and invasive pathogens carried by allochtones bees. Genetic surveys have demonstrated that some populations of honeybee subspecies are adapted to local climate and flora. Those populations thus constitute particularly interesting populations to study and preserve in a context of sustainable beekeeping. BEEHOPE, our BioDIVERSA ERANET funded project, is to set up, according to a North/South gradient, genetic conservatories of original naturally distributed honeybee populations. These honeybee conservation areas will have as missions: (i) to characterize the genetic and eco-ethologic diversity of honeybees from the West-Mediterranean lineage, (ii) to preserve the genetic diversity of those populations, (iii) to constitute a reserve of diversity usable by the honeybee industry and by beekeepers, (iv) to study the impact of the domesticated honeybee in the maintenance of local floristic diversity, and (v) to be able to use the honeybee as a bio-collector and as a biological indicator of environmental quality.
- Hygroregulation, a key ability for eusocial insects: Native Western European honeybees as a case studyPublication . Eouzan, Iris; Garnery, Lionel; Pinto, M. Alice; Delalande, Damien; Neves, Cátia J.; Fabre, Francis; Lesobre, Jérôme; Houte, Sylvie; Estonba, Andone; Montes, Iratxe; Sime-Ngando, Télesphore; Biron, David G.Sociality has brought many advantages to various hymenoptera species, including their ability of regulating physical factors in their nest (e.g., temperature). Although less studied, humidity is known to be important for egg, larval and pupal development, and also for nectar concentration. Two subspecies of Apis mellifera of the M evolutionary lineage were used as models to test the ability of a superorganism (i.e. honeybee colony) to regulate the humidity in its nest (i.e. “hygroregulation hypothesis”) in four conservation centers: two in France (A. m. mellifera) and two in Portugal (A. m. iberiensis). We investigated the ability of both subspecies to regulate the humidity in hives daily, but also during the seasons for one complete year. Our data and statistical analysis demonstrated the capacity of the bees to regulate humidity in their hive, regardless of the day, season or subspecies. Furthermore, the study showed that humidity in beehives is stable even during winter, when brood is absent, and when temperature is known to be less stable in the beehives. These results suggest that humidity is important for honeybees at every life stage, maybe because of the ‘imprint’ of the evolutionary history of this hymenopteran lineage.
- Projeto BEEHOPE 2015Publication . Pinto, M. Alice; Neves, Cátia J.; Vilas-Boas, Miguel; Rodrigues, Pedro João; Ventura, Paulo J.C.; Garnery, Lionel; Legout, Hélène; Douarre, Vincent; Houte, Sylvie; Odoux, Francois; Estonba, Andone; Miguel, Irati; Montes, Iratxe; Mallet, Noel; Grenier, Claude; Labat, Jean-Charles; Champin, Luc; Colombet, Jonathan; Guyot, Samuel; Sime-Ngando, Télesphore; Dealbac, Frédéric; Biron, David G.O projeto BEEHOPE, com o título original “Honeybee conservation centres in western Europe - an innovative strategy using sustainable beekeeping to reduce honeybee decline”, foi um dos 10 aprovados na área da biodiversidade do 5º concurso transnacional (2013-2014) BiodivErsA/FACCE-JPI (http://www.biodiversa.org/766), subordinado ao tema “Promover sinergias e reduzir o compromisso entre o abastecimento de alimentos, biodiversidade e serviços dos ecossistemas”. A diversidade nativa das populações de abelha melífera (Apis mellifera) da linhagem da Europa ocidental (M) tem vindo a ser crescentemente ameaçada pela introdução massiva de colónias da linhagem da Europa oriental (C, onde se incluem as subespécies A. m. ligustica, A. m. carnica, A. m. macedónica etc.), e também por outros fatores bióticos (Varroa e vírus associados, Nosema etc.) e abióticos (pesticidas, perda e fragmentação de habitat, alterações climáticas etc.). É neste contexto que surge o projeto BEEHOPE, o qual tem por objetivo último contribuir para a conservação da diversidade genética das populações de abelha melífera da linhagem M.