Browsing by Author "Lopes, Lucas Pereira"
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- Analysis of molecular and morphological diversity of Arbutus unedo in the interior North and Center of Portugal.Publication . Lopes, Lucas Pereira; Sá, Olga; Baltasar, José Luís; Pereira, J.A.; Baptista, PaulaIn the Mediterranean Basin, the strawberry tree (Arbutus unedo L.) has medicinal, ornamental, economical, and environmental importance. During the last decades, several occurrences have caused the decline of the strawberry tree in Portugal being replaced by other species. In this context, the knowledge of genetic variability in the wild populations is essential for a proper conservation. This work aimed to characterize genetically and morphological 38 A. unedo genotypes, 30 of which located in Trás-os-Montes e Alto Douro region, and the remaining 8 genotypes in Beira Interior region, to assess their biodiversity. The genetic diversity was assessing by RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) markers. The dendrogram was obtained from the matrix of pairwise distances through the Nei and Li coefficient using the UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) grouping method. Morphological characterization was performed through the evaluation of several quantitative traits measured on 40 fresh leaves per plant. The quantitative traits analysed were leave length and width, leave length/width ratio, peduncle length and leave fresh and dry weigh. Distance matrix of morphologic data was assessed using Euclidean distance. A Mantel test was used to analyze correlations between genetic, morphological, and geographical distances. Among a total of 20 arbitrary 10-mer primers, seven produced polymorphic RAPD profile. The highest number of polymorphic loci was exhibited in the Trás-os-Montes samples and the lowest in the Beira Interior samples. The distance UPGMA tree grouped together the genotypes according to their geographical origin, showing that each sample is genetically structured. Morphological differences were also found between genotypes. However, the clustering obtained from the morphological data was different from the obtained in the RAPD analysis. In this work we discuss also the significance of the findings for the genetic variability of A. unedo.
- Assistente de estacionamento para veículos de passeioPublication . Lopes, Lucas Pereira; Lopes, Rui Pedro; Thomaz, Tatiane TambarussiO assistente para estacionamento de veículos tem, como objetivo, auxiliar o condutor no processo de estacionamento de veículos de passeio, atendendo às dificuldades que envolvem o ato de estacionar, principalmente em horários de grandes movimentos em grandes centros urbanos, o que acaba gerando desconforto para o condutor e um efeito cascata para os engarrafamentos. Dessa forma, em um primeiro momento, utilizou-se pesquisa bibliográfica para dar suporte teórico, sobre quais seriam as melhores tecnologias a serem utilizadas durante o trajeto do protótipo, para atingir o objetivo específico de elaborar um modelo computacional que auxilie no processo de estacionamento paralelo. Para tanto, em um segundo momento, utilizou-se para validar o modelo o simulador CoppeliaSim, as linguagens de programação Python, JavaScript e TypeScript, e FrameWorks como p5.js, Node.js e a geração de uma trajetória de estacionamento por meio da aproximação de uma função sigmoide. Previamente tem-se como hipótese que o assistente é uma solução mais simples, proposta da aproximação de uma função e consegue cumprir de forma aceitável, a tarefa de propor uma trajetória de estacionamento viável para vagas paralelas.
- Estudo da diversidade genética de Arbutus unedo L. utilizando marcadores ISSR e RAPDPublication . Lopes, Lucas Pereira; Sá, Olga; Pereira, J.A.; Baptista, PaulaO Arbutus unedo L., espécie mediterrânico-atlântica da família Ericaceae, é popularmente conhecido em Portugal como medronheiro. Classificado como uma planta perene de porte mediano que cresce em forma de arbusto ou árvore. A. unedo possui importância ornamental, medicinal e económica, residida principalmente na produção de aguardente de medronho. Em Portugal, a área ocupada pelo medronheiro tem diminuído sobretudo devido a incêndios e à substituição deste por espécies florestais. Uma vez que não se conhece qualquer estudo no âmbito da avaliação da variabilidade genética do medronheiro, esta reveste-se assim de grande importância para o delineamento de programas de manejo e conservação da espécie. O objetivo desse trabalho foi estudar a diversidade genética de A. unedo no interior norte e centro de Portugal utilizando marcadores ISSR (Inter Simple Sequence Repeats) e RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA). Para tal foi extraído DNA de folhas de 38 indivíduos distribuídos em 9 populações (Bragança, Vinhais, Mirandela, Vila Real, Régua, Viseu, Braga, Lamego e Fundão). As reações de amplificação foram efetuadas com 9 sequências iniciadoras de RAPD e 12 de ISSR. Os dendogramas foram construídos pelo algoritmo UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic averages) utilizando o coeficiente de Jaccard, no programa computacional FreeTree. A correlação entre as distâncias genéticas obtidas pelos RAPD e ISSR foi calculada pelo teste de Mantel. Do total de iniciadores utilizados na análise RAPD e ISSR, seis e doze mostraram ser polimórficos, respectivamente. O elevado polimorfismo observado, com um número pequeno de marcadores, pode resultar do fato desta planta não ser domesticada. Os dendrogramas obtidos mostraram que existem indivíduos geneticamente distintos, não sendo possível contudo agrupá-los de acordo com a sua origem geográfica. Este aspecto foi sobretudo notório na análise RAPD. Verificou-se ainda que a correlação entre os dados RAPD e ISSR foram relativamente baixos. Os resultados obtidos serão úteis, visando a conservação e preservação da espécie.
- Genetic diversity of Portuguese Arbutus unedo L. populations using leaf traits and molecular markers: an approach for conservation purposesPublication . Lopes, Lucas Pereira; Sá, Olga; Pereira, J.A.; Baptista, PaulaThe genetic diversity within and between four natural Arbutus unedo L. populations in Portugal was investigated using morphological characters, inter-simple sequence repeats (ISSR) and random amplified polymorphic (RAPD) markers, for a proper conservation of this resource. The results showed a high morphological variation between and within-populations. The dry-weight, length, width and peduncle length of the leaves were the most discriminating characters, being responsible for 52.6% of the total variation. The molecular analysis, based on both RAPD and ISSR, indicated moderate genetic diversity within populations, with values of Nei’s gene diversity ranging from 0.16 to 0.39 and the Shannon’s diversity from 0.24 to 0.57. The highest genetic diversity occurred within Braganc¸ a population. At the species level, the genetic variation was mainly within populations (75%), suggesting a low-moderate genetic differentiation among populations. The high level of gene flow estimated among populations (1.499) showed to be the main reason for their low differentiation. The cluster analysis showed that only one population formed a distinctive cluster. The remaining formed a second cluster due to their geographical approach, which has been showed to affect significantly the genetic distances among populations. No correlation between RAPD and ISSR markers, and between the molecular and morphological data was found. From the conservation point of view it is proposed to combine both in- and ex situ approaches. The maintenance of sufficient gene flow and the increase of the effective population sizes are the main in situ actions proposed. The ex situ conservation, should involve the collection of a high number of individuals within populations.