Browsing by Author "Lopes, Ana"
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- Abelha melífera dos Açores: estudo epidemiológicaPublication . Lopes, Ana; Miranda, Joachim; Martín-Hernández, Raquel; Henriques, Dora; Pinto, M. AliceOs Açores são um local único para estudos epidemiológicos da abelha devido à distribuição heterogénea de um dos principais responsáveis pelo seu declínio mundial: Varroa destructor. Ademais, o fungo Nosema ceranae e vários vírus têm sido apontados como um problema sanitário. Assim, este é o primeiro estudo epidemiológico nos Açores para avaliar o estatuto da N. ceranae e os mais importantes vírus das abelhas: BQCV1, SBV2, CBPV3, LSV4, DWV5, AKI6 e BeeMLV7. Analisaram-se 474 amostras de oito das nove ilhas em 2014/2015 e 92 de quatro ilhas em 2020. O ADN e ARN foram extraídos e o diagnóstico e carga viral foram obtidos por RT-qPCR. Apenas Flores e Sta Maria não têm Nc, nas restantes ilhas a carga é variável, ocorrendo um aumento significativo em S. Jorge e Terceira em 2020. Os vírus BQCV e LSV estão em todas as ilhas amostradas sendo as cargas virais significativamente diferentes entre elas. Relativamente ao LSV, Flores apresentou a carga mais baixa e Pico a mais elevada. SBV existe apenas no Faial e Pico, sem diferenças nas cargas. CBPV tem prevalências baixas, tendo sido detetado no Pico, S. Miguel, Graciosa, Terceira, Faial, com cargas elevadas, à exceção de Graciosa e Pico. S. Jorge e Terceira não têm DWV, sendo que as restantes têm prevalências variáveis e cargas virais diferentes em ambos os anos. AKI e BeeMLV não foram detetados. Este estudo mostra que os Açores são um local privilegiado para a apicultura, com várias ilhas livres dos principais patógenos que afligem a abelha melífera no mundo.
- Adaptação local da Abelha Ibérica (Apis mellifera iberiensis): uma experiência de translocação recíprocaPublication . Lopes, Ana; Neves, Cátia J.; Ventura, Paulo J.C.; Vilas-Boas, Miguel; Rodrigues, Pedro João; Perez, Fernando; Garnery, Lionel; Biron, David G.; Pinto, M. AliceNa Europa, várias experiências de translocação recíproca com diferentes subespécies de abelha melífera (Apis mellifera L.) têm demonstrado a existência de adaptação local, sobretudo quando a pressão de selecção é mais forte devido, por exemplo, a novas doenças e parasitas, agroquímicos, ou rápidas mudanças climáticas. Contudo, até agora nenhum desses estudos abrangeu a subespécie da Península Ibérica, Apis mellifera iberiensis. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a existência de adaptação local em A. m. iberiensis. Em 2015 foram instalados dois apiários, com 36 colónias cada, em dois extremos latitudinais de Portugal: Bragança e Vila do Bispo. As 36 colónias (18 da origem Bragança e 18 da origem Algarve) foram avaliadas para várias características durante um ano. Entre as características avaliadas incluem-se o número de alvéolos com mel, produção de mel, e o peso mensal das colónias. Na análise destas características foram usadas duas abordagens: (i) comparação entre as duas origens no mesmo apiário e (ii) comparação da mesma origem entre os dois apiários. Os resultados indicam que embora as três características possam sugerir uma interação genótipo-ambiente, apenas a produção de mel e o peso da colónia demostraram adaptação local, uma vez que as abelhas locais tiveram um melhor desempenho no seu apiário de origem. Adicionalmente, verificou-se que as diferenças entre as duas origens foram mais evidentes no ambiente considerado menos hostil (Vila do Bispo), onde cada colónia pode expressar todo o seu potencial genético.
- Applying reduce SNP assays for inferring C-lineage introgression patterns in Iberian honeybee populations of the Azores archipelagoPublication . Lopes, Ana; Neves, Cátia J.; Ferreira, Helena; Henriques, Dora; Quaresma, Andreia; Martín-Hernández, Raquel; Azevedo, João; Pinto, M. AliceThe genetic composition of the honeybee populations of the Macaronesian archipelago of the Azores is poorly known. Until now, only honeybee populations of the island of São Miguel have been surveyed for genetic variation through the use of the tRNAleu-cox2 intergenic mitochondrial DNA region and microsatellites. Here, we combine data from the mtDNA obtained with the DraI test (intergenic region) and from the nuclear DNA obtained with newly developed reduced SNP assays to provide a complete picture of introgression patterns in the Azorean honeybee populations at both mitochondrial and nuclear compartments. The sampling was carried out in 2014 and 2015 and comprised 474 colonies widely distributed across the 8 islands populated by honeybees. Our cyto-nuclear results show that C-derived introgression varies across the archipelago ranging from virtually pure populations of the Iberian honeybee in the island of Santa Maria (Q-values <5%) to highly introgressed populations in the island of Graciosa (Q-values>30%). The introgression levels are alarming and contrast with those of the Iberian honeybee populations of the mainland in Iberia, which are still virtually free of C-derived introgression, despite frequent importation of commercial queens.
- Authentication of incense (Pittosporum undulatum Vent.) honey from the Azores (Mel dos Acores) by a novel real-time PCR approachPublication . Lopes, Ana; Moura, Monica B.M.V.; Grazina, Liliana; Costa, Joana; Amaral, Joana S.; Pinto, M. Alice; Mafra, Isabel'Mel dos Acores' is a unique nectar honey produced from the exceptional and diverse flora of the Azores archipelago, categorised as incense honey ('mel de incenso') or multifloral honey ('mel multiflora'). Incense honey should contain over 30 % of pollen grains of Pittosporum undulatum Vent. In this work, a real-time PCR method targeting the ITS region was proposed for the first time to detect P. undulatum in the honey from the Azores. The approach exhibited high analytical performance, achieving a quantification limit of 0.01 pg of incense DNA. The method was successfully applied to 22 honey samples, from which incense was detected in all 9 monofloral incense honeys and in 5 out of 10 multifloral samples from the Azores. Generally, the quantitative results for incense DNA were in good agreement with the melissopalynological data. Therefore, a simple, cost-effective and reliable tool was herein proposed to authenticate and valorise the Azores honey.
- Bee3Pomics: utilização das “Omics” no estudo dos efeitos dos pesticidas na abelha melíferaPublication . Henriques, Dora; Yadró Garcia, Carlos A.; Lopes, Ana; Rufino, José; Rosa-Fontana, Annelise; Pinto, M. AliceOs pesticidas podem ter efeitos adversos em organismos não alvo, tais como os insetos polinizadores. Para estudar esses efeitos, são realizadas avaliações de risco quando novas moléculas são homologadas. A abelha melífera (Apis mellifera) tem sido usada como organismo modelo nessas avaliações. No entanto, o impacto da variação genética intraespecífica na sensibilidade toxicológica ainda é desconhecido. As 'omics' prometem ser uma ferramenta útil para abordar esse problema. Este projeto tem dois grandes objetivos. Primeiro, pretende-se utilizar mais de 2000 genomas de 11 das 31 subespécies de abelhas descritas para estudar a diversidade genética nos genes de detoxificação (famílias P450, glutationa-S-transferases, carboxilesterases, UDPglucuronosiltransferase, transportadores ABC). Em segundo lugar, pretende-se compreender os efeitos moleculares da exposição aos pesticidas. Para isso, serão coletados dados de pesticidas de 315 apiários distribuídos pelos 27 países da União Europeia. Indivíduos desses mesmos apiários serão sequenciados, e os dados genómicos serão integrados com os dados dos pesticidas através de testes de Associação Genética- Ambiente (GEA). As variantes resultantes desta análise, quando não sinónimas, serão validadas por modelação de proteínas.
- BeeHeal: promoting bee health for sustainable agriculturePublication . Martín-Hernández, Raquel; Lopes, Ana; Chevjanovsky, Nor; Dalmon, Anne; Higes, Mariano; Le Conte, Yves; Pinto, M. Alice; Reyes-Carreño, Maritza; Soroker, VictoriaDuring the last years there is an alarming increase in the collapse of honeybee colonies (Apis mellifera) where bee parasites and pathogens like Varroa destructor mites, the microsporidia Nosema ssp. and viruses have played the leading role. Colony decline might compromise not only food security but also present and future income to the growers. Hence, four institutions from Mediterranean area have joined forces to put toghether a project entitled, “BEEHEAL: Promoting bee health for sustainable agriculture”. BEEHEAL is a collaborative research between Centro de Investigación Apícola y Agroambiental de Marchamalo - CAR (Spain), Centre de recherche Provence-Alpes-Côte d’Azur Unité: Abeilles et Environnement - INRA (France), Agricultural Research Organization, The Volcani Center - ARO (Israel) and Mountain Research Center (CMO), Polytechnic Institute of Bragança (Portugal). The aim of this project is to determine the phenology and interaction of the microsporidia Nosema ceranae and viruses including acute bee paralysis virus (ABPV), Israeli acute paralysis virus (IAPV), Black queen cell virus (BQCV) Chronic bee paralysis virus (CBPV) and Deformed wing virus (DWV), in Spain, France, Portugal and Israel. The findings of this project, which involves an active and unique cooperation among partners representing Mediterranean countries which encompasses a wide range of environmental and beekeeping management conditions, will contribute to ameliorate the damage caused by the expansion of N. ceranae through a rational implementation of existing treatments to avoid emergence of synergistic pathogens that accelerate colony collapse compromising food security. This project started at 2017 and it will end in 2020. BEEHEAL is funded through the ARIMNet2 (2016) Call by the following funding agencies: INIA (Spain), ANR (France), MOARD (Israel), and FCT (Portugal). This presentation will detail the tasks that are ongoing in the BEEHEAL project.
- Bio-Monitoring of environmental pollution using the citizen science approachPublication . Steen, Jozef van der; Amaral, Joana S.; Baveco, Hans; Blanco Muñoz, Patricia; Brodschneider, Robert; Brusbardis, Valters; Buddendorf, Bas; Carreck, Norman L.; Danneels, Ellen; Charistos, Leonidas; Graaf, Dirk C.; Díaz Galiano, Francisco José; Fernandez-Alba, Amadeo; Ferrer-Amate, Carmen; Formato, Giovanni; Gómez Ramos, María José; Gratzer, Kristina; Gray, Alison; Hatjina, Fani; Henriques, Dora; Kasiotis, Konstantinos; Kilpinen, Ole; Lopes, Ana; Martínez Bueno, María Jesús; Murcia-Morales, María; Pietropaoli, Marco; Pinto, M. Alice; Quaresma, Andreia; Rufino, José; Roessink, Ivo; Vejsnæs, Flemming; Zafeiraki, EffrosyniHoneybee colonies are excellent bio-samplers of biological material such as nectar, pollen, and plant pathogens, as well as non-biological material such as pesticides or airborne contamination. The INSIGNIA-EU project aims to design and test an innovative, non-invasive, scientifically proven citizen science environmental monitoring protocol for the detection of pesticides, microplastics, heavy metals, and air pollutants by honey bee colonies http://insignia-eu.eu. In the pilot INSIGNIA project (2018-2021), a protocol was developed and tested for citizen-science-based monitoring of pesticides using honeybees. As part of the project, biweekly pollen was obtained from sentinel apiaries over a range of European countries and landscapes and analysed for botanical origin, using state-of-theart molecular techniques such as metabarcoding. An innovative non-biological matrix, the “APIStrip”, was also proved to be very efficient for detecting the residues of 273 agricultural pesticides and veterinary products, both authorized and unauthorized. The data collected are used to develop and test a spatial modelling system aimed at predicting the spatiallyexplicit environmental fate of pesticides and honeybee landscape-scale pollen foraging, with a common underlying geo-database containing European land-use and land-cover data (CORINE), the LUCAS database (landcover) supplemented with national data sets on agricultural and (semi-) natural habitats. After a call by the European Commission, a new 2 years project was granted aiming to present a comprehensive pan-European environmental pollution monitoring study with honey bees. Although pesticides used in agriculture, are a known hazard due to their biological activity, other pollutants, have even been recognized as such, for which we have not been aware of their impact for many years. An example is air pollution which increased while our societies industrialized and is currently regarded as the single largest environmental health risk in Europe (https://www.eea.europa.eu/). Unfortunately, other pollutants such as heavy metals, polycyclic aromatic hydrocarbons, polychlorinated biphenyls, airborne particulate matter, and microplastics have also reached our environment. The outcome of this project will provide the first standardized EU-wide monitoring of all types of environmental pollutants with honey bee colonies. The project is funded by the EU, under the N° 09.200200/2021/864096/SER/ ENV.D.2 contract.
- Bioinformatics pipeline to evaluate patterns of diversity in detoxification genes in Western Honey BeePublication . Barbosa, Daniela; Li, Fernanda; Bashir, Sana; Lopes, Ana; Yadró García, Carlos A.; Quaresma, Andreia; Rufino, José; Rosa-Fontana, Annelise; Verbinnen, Gilles; Graaf, Dirk C.; Smet, Lina de; Pinto, M. Alice; Henriques, DoraThe Western honey bee, Apis mellifera, displays significant genetic diversity in detoxification genes, which is pivotal for environmental adaptation and resilience. Herein, we developed a bioinformatics pipeline to investigate patterns of diversity in these genes, focusing on single nucleotide polymorphisms (SNPs) across A. mellifera populations, with variant annotation performed using both snpEff and the Variant Effect Predictor (VEP). Our pipeline integrates GATK, VCFtools, PLINK, bcftools, snpEff, and VEP to process genomic data systematically. Regions of interest were defined in a BED file for variant filtering. Using GATK, SNPs were extracted from a VCF file and conversion to PLINK format for population genetics analyses. Variants were filtered by minor allele frequency (MAF) and population differentiation (FST index) to identify SNPs with considerable. Variants were annotated with snpEff and VEP to predict functional impacts, enabling a comparative analysis of their annotation consistency and depth. Custom scripts were developed to map SNPs to detoxification genes, quantify SNP density, and integrated gene descriptions and lineage data. The resulting data were visualized using a combination of and generate different graphs using ggplot2 and chromoMap for chromossomal maps. Quality control steps were applied through the pipeline ensuring data reliability. Our findings reveal distinct SNP patterns in detoxification genes, highlighting candidate SNPs associated with A. mellifera subspecies-specific adaptations. The comparison of snpEff and VEP annotations provides insights into their strengths and limitations, which can help optimize software selection for genomic studies. This pipeline offers a reproducible framework for studying genetic diversity in A. mellifera that is adaptable to other species, advancing conservation and evolutionary genomics.
- Can introgression in M-lineage honey bees be detected by abdominal colour patterns?Publication . Henriques, Dora; Lopes, Ana; Ferrari, Roberto; Neves, Cátia J.; Quaresma, Andreia; Browne, Keith A.; McCormack, Grace P.; Pinto, M. AliceHoney bee abdominal pigmentation is one of the most recognisable traits and it is often used by beekeepers as an indicator of M-lineage subspecies purity. However, this approach may negatively impact population diversity and is futile if there is no association between tergite colour patterns and the genetic background. To assess whether this trait can be used as a proxy for introgression proportions in M-lineage subspecies, we genotyped, with highly informative SNP assays, A. m. mellifera and A. m. iberiensis individuals displaying four different colour phenotypes. The SNP data detected highly introgressed bees exhibiting a black phenotype and, at the same time, pure or marginally introgressed bees with yellow banding patterns, in both subspecies. Despite these observations, contrary to A. m. iberiensis , in A. m. mellifera , introgression proportions revealed to be a significant predictor of abdominal pigmentation. Therefore, abdominal pigmentation could be used by A. m. mellifera conservationists to guide colony selection when genetic tools are unavailable.
- Caracterização dos utentes da unidade de cuidados continuados de Santa Maria Maior com AVC e respostas sociais após a altaPublication . Ribeiro, Maria Isabel; Cruz, Ana Luísa Sampaio; Gonçalves, Ana; Bernardo, Sónia; Lopes, AnaO Acidente Vascular Cerebral (AVC) é uma das principais causas de mortalidade em Portugal [1] e a patologia que causa maior incapacidade e perda de qualidade de vida [2]. O AVC é considerado uma perturbação em que há perda súbita de consciência ou perda motora ou sensorial, em consequência da rutura ou oclusão de uma artéria cerebral [3]. Objetivo: Caracterizar os doentes com AVC e identificar as respostas sociais após a alta. Material e método: Estudo quantitativo que teve como objeto de estudo os doentes admitidos com AVC, na Unidade de Cuidados Continuados de Média/Longa Duração localizada num Concelho do Distrito de Bragança, nas tipologias de Média Duração e Reabilitação e de Longa Duração e Manutenção. De um total de 222 utentes, foi selecionada uma amostra constituída por 79 doentes internados ao longo do período de dezembro de 2008 a novembro de 2013. A colheita de dados foi feita no utilizando o Gestcare Integrated Continuous Care, no último trimestre de 2013, após concedida autorização por parte dos responsáveis da Unidade. As informações recolhidas foram posteriormente editados e analisadas no programa SPSS versão 22. Foram calculadas frequências absolutas e relativas bem como medidas de tendência central (Média) e de dispersão (Desvio Padrão, Mínimo, Máximo). Resultados: Do total de utentes da Unidade de Cuidados Continuados de Longa Duração e manutenção de Santa Maria Maior, 119 (53,6%) eram homens e 103 (46,4%) eram mulheres; os inquiridos tinham idades compreendidas entre 40 anos e os 99 anos. A maioria (61,3%) residia na aldeia e era inativo (94,6%). Do total de indivíduos institucionalizados 41 indivíduos (18,5%) não tinham ninguém que os apoiasse em situação de doença ou dependência. Em conformidade com os resultados, a prevalência de AVC foi de 35,6% registando-se uma taxa de letalidade de 24,1%. A maioria dos doentes com esta patologia era do género masculino (53,2%), tinha em média 80,1 anos de idade (DP=7,73) e vivia em zonas rurais (63,1%). Uma parte significativa (21,5%) dos doentes com AVC não tinha qualquer retaguarda familiar ou apoio em situação de doença ou dependência. Os doentes, após a alta, tiveram os seguintes destinos: 25,3% foram transferidos para outra Unidade de Cuidados Continuados, na tentativa de os aproximar do seu domicilio e/ou família ou receber atendimento mais especializado; 24,1% ingressaram num Lar; 13,9% regressaram ao seu domicílio com apoio domiciliário; 8,9% regressaram ao seu domicílio/família e, 3,8% foram recebidos e apoiados por uma família de acolhimento. Tendo em conta o género existem diferenças relevantes no que diz respeito ao destino dos utentes. Há uma maior percentagem de elementos do género feminino a serem transferidos para outra Unidade de Cuidados Continuados (34,3%) registando-se, também, uma taxa de letalidade superior no género feminino (35,1%). Em contrapartida, verifica-se um maior número de elementos do género masculino a ingressar no domicílio com apoio familiar (21,4%). Independentemente, da proveniência dos utentes, uma parte significativa vai para um Lar. Por fim, os utentes com retaguarda familiar são os que regressam em maior número ao Domicílio com apoio familiar. Conclusão: De 222 pacientes, 79 foram internados no CCU com o diagnóstico de AVC, registando esta patologia uma prevalência de 35,6% sendo a maioria do género masculino (53,2%). A esmagadora maioria dos doentes, após a alta, necessitam de ajuda para satisfazer as suas necessidades básicas. Sendo o AVC uma patologia incapacitante e que provoca na maior parte das vezes dependências graves há a necessidade de dar continuidade aos cuidados por parte de terceiros. A família assume, assim, um papel fundamental no apoio ao doente. No entanto, há também a necessidade de recorrer a instituições e serviços de apoio social que respondam e complementam as necessidades do doente e da família. Referências bibliográficas [1]. DGS (2003). Programa Nacional de Prevenção e Controlo das Doenças Cardiovasculares.Ministério da Saúde. Direção Geral de Saúde. Despacho nº. 16415/2003 (II série) – D.R. nº. 193 de 22 de Agosto. [2] .Silva, A. (2007). O AVC: O essencial da saúde. Volume 10. Porto: Quidnov. [3] .Bolander, V.B. & Leal, M.T. (1998). Enfermagem fundamental: abordagem psicofisiológica. 1ª edição, Lisboa: Lusodidacta.