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Desenvolvimento de painéis de SNPs ultra-reduzidos a partir de dados de sequenciação

2018Conference object Open access
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dc.contributor.authorHenriques, Dora
dc.contributor.authorParejo, Melanie
dc.contributor.authorVignal, Alain
dc.contributor.authorWragg, David
dc.contributor.authorWallberg, Andreas
dc.contributor.authorWebster, Matthew T.
dc.contributor.authorPinto, M. Alice
dc.date.accessioned2019-02-26T12:24:16Z
dc.date.available2019-02-26T12:24:16Z
dc.date.issued2018
dc.description.abstractA abelha melífera, Apis mellifera L., tem um papel fundamental no funcionamento dos ecossistemas e na produção de alimentos, no entanto, está sujeita a diversas ameaças. Entre outras, a introdução em larga escala de raças comerciais (normalmente com ancestralidade da Europa Oriental ou linhagem C) leva a uma hibridação introgressiva quebrando os complexos de genes adaptados localmente, os quais são cruciais para uma sustentabilidade a longo prazo das populações nativas. Esta ameaça tem sido alvo de preocupação na Europa Ocidental onde a subespécie nativa A. m. mellifera está seriamente ameaçada pela introgressão e a outra, a abelha ibérica, A. m. iberiensis, pode vir a ter o mesmo destino. Foram desenvolvidos quatro painéis ultra-reduzidos do marcador molecular designado polimorfismo de nucleótido simples (SNPs; 37-40 SNPs, cada) que podem ser usados de forma independente ou combinada para estimar introgressão genética na abelha ibérica. Como base usamos o genoma completo de 176 indivíduos (117 A. m. iberiensis e 59 linhagem C). A seleção dos SNPs foi feita usando o índice de diferenciação (FST), sendo apenas utilizados os SNPs fixos (FST=1). Adicionalmente, avaliamos os efeitos do tamanho da amostra e da amostragem geograficamente confinada no número de SNPs fixos. Verificamos que existe um enviesamento quando o tamanho da amostra é ≤10 e quando a amostragem representa uma pequena porção da diversidade genética. Finalmente, demonstramos que os painéis ultra-reduzidos, individualmente ou combinados, são rigorosos na estimação da introgressão da linhagem C em A. m. iberiensis, apresentando-se como uma ferramenta de grande utilidade na monitorização da integridade genética desta subespécie.pt_PT
dc.description.abstractThe honeybee (Apis mellifera L.) plays a critical role in ecosystem functioning and food production, and it is subject to multiple threats. Among others, the large-scale introductions of commercial strains (mostly of Eastern European or C-lineage ancestry), leads to introgressive hybridization, disrupting locally adapted gene-complexes, which are crucial for the long term sustainability of honey bee populations. This circumstance is particularly worrisome in Western Europe where one of the two native subspecies (A. m. mellifera) is seriously endangered by introgression, and the other one, the focal Iberian honeybee (A. m. iberiensis), might have the same fate. In this study, we developed four independent ultra-low-density single nucleotide polymorphism (SNP) assays (37-40 SNPs each), which can be used independently or combined. As a baseline, we used whole-genome sequence data of 176 individuals (117 A. m. iberiensis and 59 C-lineage). The selection of the SNPs was based on the differentiation index FST, being only considered the fixed SNPs (FST=1). Furthermore, we evaluated the effects of sample size and sampling a geographically restricted area on the number of fixed SNPs. We verified that a bias on the number of fixed SNPs is introduced when sample size is ≤10 and when sampling only captures a small part of the genetic diversity. Finally, we demonstrated that the four ultra-low-density assays, singly or combined, are very powerful for estimating C-lineage introgression in A. m. iberiensis, which will be a great help for cost-effectively assessing and monitoring its genetic integrity.pt_PT
dc.description.versioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionpt_PT
dc.identifier.citationHenriques, Dora; Parejo, Melanie; Vignal, Alain; Wragg, David; Wallberg, Andreas; Webster, Matthew T.; Pinto, M. Alice (2018). Desenvolvimento de painéis de SNPs ultra-reduzidos a partir de dados de sequenciação = Developing ultra-low-density SNP assays from whole-genome sequence data. In V Encontro Jovens Investigadores: livro de resumos. Bragança: Instituto Politécnico. ISBN 978-972-745-235-4pt_PT
dc.identifier.isbn978-972-745-235-4
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10198/18983
dc.language.isoengpt_PT
dc.peerreviewedyespt_PT
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/pt_PT
dc.subjectApis mellifera iberiensispt_PT
dc.subjectGenomaspt_PT
dc.subjectPainéis de SNPs ultra-reduzidospt_PT
dc.titleDesenvolvimento de painéis de SNPs ultra-reduzidos a partir de dados de sequenciaçãopt_PT
dc.title.alternativeDeveloping ultra-low-density SNP assays from whole-genome sequence datapt_PT
dc.typeconference object
dspace.entity.typePublication
oaire.citation.conferencePlaceIPB, Bragança, Portugalpt_PT
oaire.citation.titleV Encontro Jovens Investigadorespt_PT
person.familyNameHenriques
person.familyNamePinto
person.givenNameDora
person.givenNameM. Alice
person.identifier.ciencia-id291F-986F-07DA
person.identifier.ciencia-idF814-A1D0-8318
person.identifier.orcid0000-0001-7530-682X
person.identifier.orcid0000-0001-9663-8399
person.identifier.scopus-author-id55761737300
person.identifier.scopus-author-id8085507800
rcaap.rightsopenAccesspt_PT
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