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- Métodos eficientes para a detecção de padrões exactos (pattern-matching) em sequências biológicasPublication . Deusdado, SérgioOs algoritmos de detecção de padrões (pattern-matching), sejam exactos ou aproximados, são fundamentais na maioria das aplicações orientadas à análise de sequências biológicas. Nesta comunicação apresenta-se um novo algoritmo, denominado DC, desenvolvido para a especificidade do pattern-matching exacto, bem como uma análise comparativa do seu desempenho. Conclui-se que o desempenho do novo algoritmo supera, em média, o dos seus concorrentes, atribuindo-se o ganho de eficiência, sobretudo, à introdução de uma nova regra de filtragem denominada regra de compatibilidade.
- GRASPm: an efficient algorithm for exact pattern-matching in genomic sequencesPublication . Deusdado, Sérgio; Carvalho, PauloIn this paper, we propose Genomic-oriented Rapid Algorithm for String Pattern-match (GRASPm), an algorithm centred on overlapped 2-grams analysis, which introduces a novel filtering heuristic – the compatibility rule – achieving significant efficiency gain. GRASPm’s foundations rely especially on a wide searching window having the central duplet as reference for fast filtering of multiple alignments. Subsequently, superfluous detailed verifications are summarily avoided by filtering the incompatible alignments using the idcd (involving duplet of central duplet) concept combined with pre-processed conditions, allowing fast parallel testing for multiple alignments. Comparative performance analysis, using diverse genomic data, shows that GRASPm is faster than its competitors.