Browsing by Author "Jara, Laura"
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- Comparação do desempenho de microsatélites e polimorfismos de nucleótido simples (SNPs) na identificação da abelha negra (Apis mellifera mellifera L.)Publication . Muñoz, Irene; Henriques, Dora; Jara, Laura; Johnston, J. Spencer; Chávez-Galarza, Julio; De la Rúa, Pilar; Pinto, M. AliceAs populações de abelha (Apis mellifera L.) têm declinado substancialmente na Europa devido a vários factores, incluindo perda de diversidade genética e vitalidade, pragas e patogénios, e exposição a pesticidas. Na Europa, o comércio de rainhas tem promovido o fluxo génico entre populações das subespécies nativas (e.g. abelha negra, Apis mellifera mellifera L.) e populações comerciais, o que em alguns casos tem levado à substituição das populações nativas. Medidas efetivas de conservação da abelha negra, a qual tem sido crescentemente ameaçada por introgressão genética, requerem a sua identificação. Para atingir este objetivo é necessário escolher a melhor ferramenta molecular. Os avanços tecnológicos recentes têm levado à disponibilização do marcador molecular cada vez mais popular “polimorfismo de nucleótido simples” (SNP), o qual tem o potencial de revolucionar o uso das ferramentas genéticas na conservação e gestão da diversidade genética. Porém, marcadores moleculares mais tradicionais, como é o caso dos microsatélites, podem ser vantajosos em algumas situações. Neste estudo, compararam-se 11 microsatélites com diferentes conjuntos de SNPs (de 48 a 1183) em 113 indivíduos, para medir o poder dos dois tipos de marcadores em identificar a estrutura populacional da abelha negra. O poder de diferenciação genética foi avaliado utilizando uma análise de componentes principais (PCA) e uma abordagem Bayesiana baseada em grupos. O poder de diferenciação genética dos SNPs foi superior ao dos microssatélites. A PCA realizada com os microssatélites não permitiu diferenciar as linhagens evolutivas da Europa Ocidental (M) e da Europa Oriental (C), e as estimativas das proporções de miscigenação entre M e C apresentaram uma maior taxa de erro e menor rigor. Em contrapartida, o conjunto de SNPs mais informativo (ancestry informative markers, AIMs) permitiu não só detectar a arquitetura genética, como também proporcionou um maior rigor nas estimativas de miscigenação do que outros conjuntos de SNPs. Estes resultados revelaram que o poder das análises de identificação e introgressão genética aumenta consideravelmente com um número moderado de AIMs.
- Comparação dos níveis de introgressão da linhagem C na abelha negra (Apis mellifera mellifera) estimados usando microsatélites e SNPs seleccionados pelo critério de proximidadePublication . Ferreira, Helena; Henriques, Dora; Jara, Laura; Chávez-Galarza, Julio; De la Rúa, Pilar; Pinto, M. AliceNa Europa estão presentes duas linhagens de Apis mellifera: linhagem C na parte central e oriental e M na ocidental. A linhagem C agrupa cerca de 10 subespécies, entre as quais se encontram as duas mais utilizadas pela apicultura à escala mundial: a A. m. ligustica e a A. m. carnica. A linhagem M agrupa apenas duas subespécies: a A. m. mellifera, a norte dos Pirenéus, e a A. m. iberiensis, na Península Ibérica. Durante as últimas décadas a actividade humana tem alterado a distribuição na Europa, sobretudo através da introdução em grande escala de rainhas de A. m. ligustica e A. m. carnica na área nativa da A. m. mellifera. Para evitar o desaparecimento de A. m. mellifera, diversos programas de conservação têm sido aplicados, sendo que o cálculo da taxa de introgressão usando marcadores moleculares é uma ferramenta crucial de gestão das populações de conservação. A maioria dos estudos tem utilizado como marcadores moleculares os microsatélites e o mtDNA. No entanto, os SNPs apresentam vantagens em relação aos microsatélites, tais como: uma boa cobertura do genoma, dados de maior qualidade, e facilidade de automatização usando tecnologias de alta capacidade. Diversos estudos mostram que os microsatélites têm um maior poder discriminatório, sendo necessários 100 SNPs para se ter a mesma informação de 10-20 microsatélites. No presente estudo compararam-se as taxas de introgressão estimadas usando os 12 microsatélites com as estimadas usando dois conjuntos de SNPs (um de 60 e outro de 120). Uma vez que dispúnhamos de um conjunto inicial de cerca de 1436 SNPs, neste trabalho escolhemos os 60 e os 120 SNPs que se encontravam mais próximos (em pares de bases) dos microsatélites. Quando comparamos as taxas de introgressão obtidas nas várias simulações verificámos que 8 dos 77 indivíduos analisados apresentam diferenças superiores a 20%. Neste trabalho irão ser apresentados e discutidos os resultados obtidos.
- Ferreira, Helena; Henriques, Dora; Jara, Laura; Chávez-Galarza, Júlio; De la Rúa, Pilar; Pinto, M. Alice (2014). Comparação dos níveis de introgressão da linhagem C na abelha negra (Apis mellifera mellifera) estimados usando microsatélites e SNPs seleccionados pelo critério de proximidade. In III Congresso Ibérico de Apicultura: livro de resumos. MirandelaPublication . Ferreira, Helena; Henriques, Dora; Jara, Laura; Chávez-Galarza, Julio; De la Rúa, Pilar; Pinto, M. AliceNa Europa estão presentes duas linhagens de Apis mellifera: linhagem C na parte central e oriental e M na ocidental. A linhagem C agrupa cerca de 10 subespécies, entre as quais se encontram as duas mais utilizadas pela apicultura à escala mundial: a A. m. ligustica e a A. m. carnica. A linhagem M agrupa apenas duas subespécies: a A. m. mellifera, a norte dos Pirenéus, e a A. m. iberiensis, na Península Ibérica. Durante as últimas décadas a actividade humana tem alterado a distribuição na Europa, sobretudo através da introdução em grande escala de rainhas de A. m. ligustica e A. m. carnica na área nativa da A. m. mellifera.
- Introgression levels of the Italian and carniolan honey bee subspecies into the black honey bee: a comparison between microsatellite and single nucleotide polymorphism (SNP) markersPublication . Henriques, Dora; Jara, Laura; Chávez-Galarza, Julio; Rufino, José; De la Rúa, Pilar; Pinto, M. AliceHuman activities have been shaping the distribution of honey bee (Apis mellifera) subspecies in Europe. In fact, during the last decades there has been an extensive introduction of the beekeepers’ favorite eastern European (lineage C) subspecies A. m. ligustica (Italian honey bee) and A. m. carnica (carniolan honey bee) into western Europe. Resulting from these introductions, there has been gene flow, and in some regions even replacement, of the native western European subspecies A. m. mellifera (black honey bee), which belongs to lineage M. Assessing levels of introgression is an important activity in breeding programs, especially when conservation of native subspecies is a major concern. Previous surveys of the A. m. mellifera populations estimated the introgression of lineage C into lineage M honey bees by using mtDNA and microsatellite markers. In addition to these markers others, such as SNPs, can be used. SNPs have some advantages over other molecular markers as they provide a genome wide coverage, higher quality data, and at the same time they are suitable for automatic and standardization in high throughput technologies. Previous studies indicate that the discriminatory power of SNPs to detect population structure is lower than that of microsatellites; about 100 SNPs are needed to provide the same power of 10-20 microsatellites. In this study we will compare introgression levels between microsatellites and SNPs as estimated by the software STRUCTURE using the admixture model and correlated allele frequencies in a black honey bee collection originating from several countries across western Europe. This collection was genotyped for 12 microsatellites and 1183 SNPs. The introgression levels were first estimated using both full datasets. Then, to have similar discriminatory power between the 12 microsatellite and SNPs, we used between 120 and 240 SNP loci from the initial 1183 SNP dataset by selecting SNPs located nearby the microsatellite loci. With this work we want to verify which is the best strategy for assessing the levels of introgression in honey bee breeding programs.
- Introgression levels of the Italian and carniolan honey bee subspecies into the black honey bee: a comparison between microsatellite and single nucleotide polymorphism (SNP) markersPublication . Henriques, Dora; Jara, Laura; Chávez-Galarza, Julio; Rufino, José; De la Rúa, Pilar; Pinto, M. AliceHuman activities have been shaping the distribution of honey bee (Apis mellifera) subspecies in Europe. In fact, during the last decades there has been an extensive introduction of the beekeepers’ favorite eastern European (lineage C) subspecies A. m. ligustica (Italian honey bee) and A. m. carnica (carniolan honey bee) into western Europe. Resulting from these introductions, there has been gene flow, and in some regions even replacement, of the native western European subspecies A. m. mellifera (black honey bee), which belongs to lineage M. Assessing levels of introgression is an important activity in breeding programs, especially when conservation of native subspecies is a major concern. Previous surveys of the A. m. mellifera populations estimated the introgression of lineage C into lineage M honey bees by using mtDNA and microsatellite markers. In addition to these markers others, such as SNPs, can be used. SNPs have some advantages over other molecular markers as they provide a genome wide coverage, higher quality data, and at the same time they are suitable for automatic and standardization in high throughput technologies. Previous studies indicate that the discriminatory power of SNPs to detect population structure is lower than that of microsatellites; about 100 SNPs are needed to provide the same power of 10-20 microsatellites. In this study we will compare introgression levels between microsatellites and SNPs as estimated by the software STRUCTURE using the admixture model and correlated allele frequencies in a black honey bee collection originating from several countries across western Europe. This collection was genotyped for 12 microsatellites and 1183 SNPs. The introgression levels were first estimated using both full datasets. Then, to have similar discriminatory power between the 12 microsatellite and SNPs, we used between 120 and 240 SNP loci from the initial 1183 SNP dataset by selecting SNPs located nearby the microsatellite loci. With this work we want to verify which is the best strategy for assessing the levels of introgression in honey bee breeding programs.
- SNPs selected by information content outperform randomly selected microsatellite loci for delineating genetic identification and introgression in the endangered dark European honeybee (Apis mellifera mellifera)Publication . Muñoz, Irene; Henriques, Dora; Jara, Laura; Johnston, J. Spencer; Chávez-Galarza, Julio; De la Rúa, Pilar; Pinto, M. AliceThe honeybee (Apis mellifera) has been threatened by multiple factors including pests and pathogens, pesticidesand loss of locally adapted gene complexes due to replacement and introgression. In western Europe, the geneticintegrity of the native A. m. mellifera (M-lineage) is endangered due to trading and intensive queen breeding withcommercial subspecies of eastern European ancestry (C-lineage). Effective conservation actions require reliablemolecular tools to identify pure-bred A. m. mellifera colonies. Microsatellites have been preferred for identificationof A. m. mellifera stocks across conservation centres. However, owing to high throughput, easy transferabilitybetween laboratories and low genotyping error, SNPs promise to become popular. Here, we compared the resolvingpower of a widely utilized microsatellite set to detect structure and introgression with that of different sets that com-bine a variable number of SNPs selected for their information content and genomic proximity to the microsatelliteloci. Contrary to every SNP data set, microsatellites did not discriminate between the two lineages in the PCA space.Mean introgression proportions were identical across the two marker types, although at the individual level,microsatellites’ performance was relatively poor at the upper range of Q-values, a result reflected by their lower pre-cision. Our results suggest that SNPs are more accurate and powerful than microsatellites for identification of A. m.mellifera colonies, especially when they are selected by information content.
- Stable genetic diversity despite parasite and pathogen spread in honey bee coloniesPublication . Jara, Laura; Muñoz, Irene; Cepero, Almudena; Martín-Hernández, Raquel; Serrano, José; Higes, Mariano; De la Rúa, PilarIn the last decades, the rapid spread of diseases, such as varroosis and nosemosis, associated with massive honey bee colonies mortality around the world has significantly decreased the number and size of honey bee populations and possibly their genetic diversity. Here, we compare the genetic diversity of Iberian honey bee colonies in two samplings performed in 2006 and 2010 in relation to the presence of the pathogenic agents Nosema apis, Nosema ceranae, and Varroa destructor in order to determine whether parasite and pathogen spread in honey bee colonies reflects changes in genetic diversity. We found that the genetic diversity remained similar, while the incidence of N. ceranae increased and the incidence of N. apis and V. destructor decreased slightly. These results indicate that the genetic diversity was not affected by the presence of these pathogenic agents in the analyzed period. However, the two groups of colonies with and without Nosema/Varroa detected showed significant genetic differentiation (G test). A detailed analysis of the allelic segregation of microsatellite loci in Nosema/Varroa-negative colonies and parasitized ones revealed two outlier loci related to genes involved in immune response.