Percorrer por autor "Biron, David G."
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- Adaptação local da Abelha Ibérica (Apis mellifera iberiensis): uma experiência de translocação recíprocaPublication . Lopes, Ana; Neves, Cátia J.; Ventura, Paulo J.C.; Vilas-Boas, Miguel; Rodrigues, Pedro João; Perez, Fernando; Garnery, Lionel; Biron, David G.; Pinto, M. AliceNa Europa, várias experiências de translocação recíproca com diferentes subespécies de abelha melífera (Apis mellifera L.) têm demonstrado a existência de adaptação local, sobretudo quando a pressão de selecção é mais forte devido, por exemplo, a novas doenças e parasitas, agroquímicos, ou rápidas mudanças climáticas. Contudo, até agora nenhum desses estudos abrangeu a subespécie da Península Ibérica, Apis mellifera iberiensis. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a existência de adaptação local em A. m. iberiensis. Em 2015 foram instalados dois apiários, com 36 colónias cada, em dois extremos latitudinais de Portugal: Bragança e Vila do Bispo. As 36 colónias (18 da origem Bragança e 18 da origem Algarve) foram avaliadas para várias características durante um ano. Entre as características avaliadas incluem-se o número de alvéolos com mel, produção de mel, e o peso mensal das colónias. Na análise destas características foram usadas duas abordagens: (i) comparação entre as duas origens no mesmo apiário e (ii) comparação da mesma origem entre os dois apiários. Os resultados indicam que embora as três características possam sugerir uma interação genótipo-ambiente, apenas a produção de mel e o peso da colónia demostraram adaptação local, uma vez que as abelhas locais tiveram um melhor desempenho no seu apiário de origem. Adicionalmente, verificou-se que as diferenças entre as duas origens foram mais evidentes no ambiente considerado menos hostil (Vila do Bispo), onde cada colónia pode expressar todo o seu potencial genético.
- Apis mellifera gut and head virome/microbiome survey: a spatio-temporal approachPublication . Zarraonaindia, Iratxe; Eouzan, Iris; Muñoz, Ana Marta; Neves, Cátia J.; Legout, Hélène; Delalande, Damien; Montes, Iratxe; Pinto, M. Alice; Vilas-Boas, Miguel; Ribout, Cécile; Gaboulaud, Jonathan; Houte, Sylvie; Colombet, Jonathan; Dubois, Eric; Garnery, Lionel; Biron, David G.; Estonba, AndoneThis study aims to characterize and monitor the pathogens and commensals associated to honeybee gut and head by combining classical and NGS methods. A two-year prospective investigation of the spatio-temporal dynamics of viruses, fungi and bacteria will be conducted at 6 honeybee conservation centers.
- Automatic detection and classification of honey bee comb cells using deep learningPublication . Alves, Thiago da Silva; Pinto, M. Alice; Ventura, Paulo J.C.; Neves, Cátia J.; Biron, David G.; Candido Junior, Arnaldo; Paula Filho, Pedro L. de; Rodrigues, Pedro JoãoIn a scenario of worldwide honey bee decline, assessing colony strength is becoming increasingly important for sustainable beekeeping. Temporal counts of number of comb cells with brood and food reserves offers researchers data for multiple applications, such as modelling colony dynamics, and beekeepers information on colony strength, an indicator of colony health and honey yield. Counting cells manually in comb images is labour intensive, tedious, and prone to error. Herein, we developed a free software, named DeepBee©, capable of automatically detecting cells in comb images and classifying their contents into seven classes. By distinguishing cells occupied by eggs, larvae, capped brood, pollen, nectar, honey, and other, DeepBee© allows an unprecedented level of accuracy in cell classification. Using Circle Hough Transform and the semantic segmentation technique, we obtained a cell detection rate of 98.7%, which is 16.2% higher than the best result found in the literature. For classification of comb cells, we trained and evaluated thirteen different convolutional neural network (CNN) architectures, including: DenseNet (121, 169 and 201); InceptionResNetV2; InceptionV3; MobileNet; MobileNetV2; NasNet; NasNetMobile; ResNet50; VGG (16 and 19) and Xception. MobileNet revealed to be the best compromise between training cost, with ~9 s for processing all cells in a comb image, and accuracy, with an F1-Score of 94.3%. We show the technical details to build a complete pipeline for classifying and counting comb cells and we made the CNN models, source code, and datasets publicly available. With this effort, we hope to have expanded the frontier of apicultural precision analysis by providing a tool with high performance and source codes to foster improvement by third parties (https://github.com/AvsThiago/DeepBeesource).
- BEEHOPE: um projeto de conservação das subespécies nativas de abelha da Europa Ocidental (linhagem M) à escala EuropeiaPublication . Neves, Cátia J.; Vilas-Boas, Miguel; Rodrigues, Pedro João; Ventura, Paulo J.C.; Legout, Hélène; Douarre, Vincent; Houte, Sylvie; Odoux, Jean F.; Estonba, Andone; Miguel, Irati; Montes, Iratxe; Sime-Ngando, Télesphore; Dealbac, Frédéric; Labat, Jean-Charles; Champin, Luc; Colombet, Jonathan; Guyot, Samuel; Mallet, Noel; Grenier, Claude; Biron, David G.; Garnery, Lionel; Pinto, M. AliceA abelha melífera, Apis mellifera L., é um organismo extremamente importante em termos económicos, agrícolas e ambientais pois presta um serviço ecossistémico essencial, como é o caso da polinização. Porém, um número crescente de factores tem ameaçado este organismo chave, incluindo a introdução de novos parasitas e predadores, a perda e fragmentação de habitat, a má nutrição, as alterações climáticas, os agroquímicos e a perda de diversidade genética. Em adição ao declínio mundial das populações de abelha melífera, a distribuição das subespécies nativas da Europa tem sido crescentemente ameaçada pelo comércio de abelhas de subespécies exóticas e até de linhas genéticas artificiais (e.g. buckfast). O comércio de abelhas tem conduzido não só ao estabelecimento de colónias inadaptadas e mantidas artificialmente, como também à introdução dos seus parasitas, com as consequências nefastas que daí advém. Vários estudos genéticos conduzidos na Europa têm revelado que muitas populações nativas de abelha melífera estão adaptadas ao clima e flora local. Essas populações são interessantes para serem estudadas e preservadas num contexto de uma apicultura sustentável. O projeto BEEHOPE, financiado pela BiodivERsA ERA-Net, pretende estabelecer, ao longo de um gradiente Norte/Sul, diversos apiários para a conservação do fundo genético das populações nativas de abelha melífera da Europa Ocidental. Estes apiários de conservação terão como missão: (i) servir de base à caracterização da diversidade genética e eco-etológica das abelhas da linhagem da Europa Ocidental (M), (ii) preservar a diversidade genética dessas populações, (iii) constituir uma reserva de diversidade para a indústria apícola e apicultores, (iv) servir para estudar o impacto da abelha domesticada na manutenção da diversidade florística local, e (v) servir de base à utilização da abelha como um bio-coletor e como bio-indicador da qualidade ambiental. Nesta comunicação o projeto BEEHOPE será apresentado, dando-se especial enfase à componente que está a ser desenvolvida em Portugal.
- BEEHOPE: um projeto de conservação das subespécies nativas de abelha da Europa Ocidental (linhagem M) à escala EuropeiaPublication . Neves, David; Vilas-Boas, Miguel; Rodrigues, Pedro João; Ventura, Paulo J.C.; Legout, Hélène; Douarre, Vincent; Houte, Sylvie; Odoux, Francois; Estonba, Andone; Miguel, Irati; Montes, Iratxe; Sime-Ngando, Télesphore; Dealbac, Frédéric; Labat, Jean-Charles; Champin, Luc; Colombet, Jonathan; Guyot, Samuel; Mallet, Noel; Grenier, Claude; Biron, David G.; Garnery, Lionel; Pinto, AliceO projeto BEEHOPE, com o título original “Honeybee conservation centres in western Europe - an innovative strategy using sustainable beekeeping to reduce honeybee decline”, foi um dos 10 aprovados na área da biodiversidade do 5º concurso transnacional (2013-2014) BiodivErsA/FACCE-JPI (http://www.biodiversa.org/766), subordinado ao tema “Promover sinergias e reduzir o compromisso entre o abastecimento de alimentos, biodiversidade e serviços dos ecossistemas”. A diversidade nativa das populações de abelha melífera (Apis mellifera) da linhagem da Europa ocidental (M) tem vindo a ser crescentemente ameaçada pela introdução massiva de colónias da linhagem da Europa oriental (C, onde se incluem as subespécies A. m. ligustica, A. m. carnica, A. m. macedónica etc.), e também por outros fatores bióticos (Varroa e vírus associados, Nosema etc.) e abióticos (pesticidas, perda e fragmentação de habitat, alterações climáticas etc.). É neste contexto que surge o projeto BEEHOPE, o qual tem por objetivo último contribuir para a conservação da diversidade genética das populações de abelha melífera da linhagem M.
- Comparison of Iberian honey bee colony variables continuously monitored with thermo-hygro-buttons and electronic scales set up in two latitudinal extremes of PortugalPublication . Neves, Cátia J.; Rodrigues, Pedro João; Pérez-Rodríguez, Fernando; Vilas-Boas, Miguel; Ventura, Paulo J.C.; Chávez-Galarza, Julio; Garnery, Lionel; Biron, David G.; Pinto, M. AliceHoney bee colony data collected continuously together with climate data are of great importance because they provide the opportunity to understand colony phenology. Continuous monitoring of honey bee colonies initiated long time ago with Gates (1914) and Hambleton (1925), when they assessed weather effects on hive weight using mechanical scales. Currently, the study of colony dynamics has been intensified with development of new technologies such as electronic scales, hygro-buttons, thermo-buttons, and computer-assisted digital image analysis of brood combs. Studies of colony dynamics are of great interest in Portugal because of large climatic (and flora) differences between the two latitudinal extremes and because of distinct genetic backgrounds of the native subspecies, Apis mellifera iberiensis (Pinto et al. 2013). In this study we will compare the temporal dynamics of colony weight and nest temperature and humidity of 12 colonies, which have been continuously monitored since July of 2015 with electronic scales and thermo-hygro-buttons, set up in apiaries located in two latitudinal extremes of Portugal. These colony variables will be correlated with climatic data (temperature, humidity, wind speed, and rain) obtained from automatic weather stations installed in the two apiaries. This research is funded through the 2013-2014 BiodivERsA/FACCE-JPI Joint call for research proposals, with the national funders FCT (Portugal), CNRS (France), and MEC (Spain).
- Comparison of Iberian honey bee colony variables continuously monitored with thermo-hygro-buttons and electronic scales set up in two latitudinal extremes of PortugalPublication . Neves, Cátia J.; Rodrigues, Pedro João; Vilas-Boas, Miguel; Ventura, Paulo J.C.; Garnery, Lionel; Biron, David G.; Pinto, AliceHoney bee colony data collected continuously together with climate data are of great importance because they provide the opportunity to understand colony phenology. Continuous monitoring of honey bee colonies initiated long time ago with Gates (1914) and Hambleton (1925), when they assessed weather effects on hive weight using mechanical scales. Currently, the study of colony dynamics has been intensified with development of new technologies such as electronic scales, hygro-buttons, thermo-buttons, and computer-assisted digital image analysis of brood combs. Studies of colony dynamics are of great interest in Portugal because of large climatic (and flora) differences between the two latitudinal extremes and because of distinct genetic backgrounds of the native subspecies, Apis mellifera iberiensis (Pinto et al. 2013). In this study we will compare the temporal dynamics of colony weight and nest temperature and humidity of 12 colonies, which have been continuously monitored since July of 2015 with electronic scales and thermo-hygro-buttons, set up in apiaries located in two latitudinal extremes of Portugal. These colony variables will be correlated with climatic data (temperature, humidity, wind speed, and rain) obtained from automatic weather stations installed in the two apiaries. This research is funded through the 2013-2014 BiodivERsA/FACCE-JPI Joint call for research proposals, with the national funders FCT (Portugal), CNRS (France), and MEC (Spain).
- Evolução temporal do peso de colmeias no norte e sul de Portugal e sua relação com variáveis climáticasPublication . Neves, Cátia J.; Rodrigues, Pedro João; Vilas-Boas, Miguel; Ventura, Paulo J.C.; Garnery, Lionel; Biron, David G.; Pinto, M. AliceA recolha contínua de dados, tanto do estado das colónias como das condições climáticas a que elas estão sujeitas, revela-se de grande importância, pois permite conhecer com detalhe a fenologia da abelha. A monitorização contínua de colónias, iniciada por Gates (1914) e Hambleton (1925) quando avaliaram os efeitos do clima sobre o peso da colmeia usando balanças mecânicas, tem sofrido uma intensificação devido ao recente desenvolvimento de novas tecnologias como balanças eletrónicas ligadas ao computador, hygrobuttons, thermobuttons, e análise digital de fotografias. Os estudos da dinâmica das colónias são do máximo interesse também em Portugal, não só devido às diferenças climáticas acentuadas entre os dois extremos latitudinais do País, como também aos diferentes perfis genéticos da abelha ibérica (Pinto et al. 2013). Neste trabalho instalámos em dois apiários, um em Bragança (Norte de Portugal) e outro no Algarve (Sul de Portugal), um anemómetro, um pluviómetro, um ibutton (temperatura e humidade) e seis balanças automáticas. Os dados têm sido coletados diariamente desde julho de 2015. Nesta comunicação apresentam-se os primeiros resultados da evolução do peso das doze colmeias e sua relação com variáveis climáticas no período de julho de 2015 até ao princípio de abril de 2016. Uma análise preliminar dos dados mostra que em Bragança e no Algarve os pesos das colmeias estão positivamente correlacionados com a temperatura e negativamente correlacionados com a humidade. Já a precipitação e o vento apresentam uma correlação não significativa. No futuro pretende-se comparar estes dados com outros indicadores do estado da colónia, para melhor conhecer a fenologia da abelha ibérica e consequentemente contribuir para um maneio apícola mais eficiente.
- Evolução temporal do peso de colmeias no norte e sul de Portugal e sua relação com variáveis climáticasPublication . Neves, Cátia J.; Rodrigues, Pedro João; Vilas-Boas, Miguel; Ventura, Paulo J.C.; Garnery, Lionel; Biron, David G.; Pinto, AliceA recolha contínua de dados, tanto do estado das colónias como das condições climáticas a que elas estão sujeitas, revela-se de grande importância, pois permite conhecer com detalhe a fenologia da abelha. A monitorização contínua de colónias, iniciada por Gates (1914) e Hambleton (1925) quando avaliaram os efeitos do clima sobre o peso da colmeia usando balanças mecânicas, tem sofrido uma intensificação devido ao recente desenvolvimento de novas tecnologias como balanças eletrónicas ligadas ao computador, hygrobuttons, thermobuttons, e análise digital de fotografias. Os estudos da dinâmica das colónias são do máximo interesse também em Portugal, não só devido às diferenças climáticas acentuadas entre os dois extremos latitudinais do País, como também aos diferentes perfis genéticos da abelha ibérica (Pinto et al. 2013). Neste trabalho instalámos em dois apiários, um em Bragança (Norte de Portugal) e outro no Algarve (Sul de Portugal), um anemómetro, um pluviómetro, um ibutton (temperatura e humidade) e seis balanças automáticas. Os dados têm sido coletados diariamente desde julho de 2015. Nesta comunicação apresentam-se os primeiros resultados da evolução do peso das doze colmeias e sua relação com variáveis climáticas no período de julho de 2015 até ao princípio de abril de 2016. Uma análise preliminar dos dados mostra que em Bragança e no Algarve os pesos das colmeias estão positivamente correlacionados com a temperatura e negativamente correlacionados com a humidade. Já a precipitação e o vento apresentam uma correlação não significativa. No futuro pretende-se comparar estes dados com outros indicadores do estado da colónia, para melhor conhecer a fenologia da abelha ibérica e consequentemente contribuir para um maneio apícola mais eficiente.
- Honeybee preservation centers in Western Europe: an innovative strategy using sustainable beekeeping to reduce honeybee declinePublication . Vilas-Boas, Miguel; Pinto, M. Alice; Garnery, Lionel; Legout, Hélène; Douarre, Vincent; Houte, Sylvie; Odoux, Francois; Estonba, Andone; Miguel, Irati; Montes, Iratxe; Mallet, Noel; Grenier, Claude; Labat, Jean-Charles; Champin, Luc; Colombet, Jonathan; Guyot, Samuel; Sime-Ngando, Télesphore; Dealbac, Frédéric; Biron, David G.Apis mellifera is subdivided into at least 26 physiologically, behaviourally and morphologically distinct subspecies. As an agronomical species of interest, the natural distribution of honeybee subspecies has been disturbed for many decades by beekeeping activities, particularly because of international trade of honeybees. These movements were particularly amplified this last decade due to livestock rebuilding to counter the effects of colony losses. An interesting assumption is that current honeybee declines observed in European apiaries can be caused by commercial and European trades of honeybees by (i) the introduction (for their apicultural traits) of non- adapted and artificially maintained colonies, and (ii) the spread of allochtone and invasive pathogens carried by allochtones bees. Genetic surveys have demonstrated that some populations of honeybee subspecies are adapted to local climate and flora. Those populations thus constitute particularly interesting populations to study and preserve in a context of sustainable beekeeping. BEEHOPE, our BioDIVERSA ERANET funded project, is to set up, according to a North/South gradient, genetic conservatories of original naturally distributed honeybee populations. These honeybee conservation areas will have as missions: (i) to characterize the genetic and eco-ethologic diversity of honeybees from the West-Mediterranean lineage, (ii) to preserve the genetic diversity of those populations, (iii) to constitute a reserve of diversity usable by the honeybee industry and by beekeepers, (iv) to study the impact of the domesticated honeybee in the maintenance of local floristic diversity, and (v) to be able to use the honeybee as a bio-collector and as a biological indicator of environmental quality.