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  • Avaliação dos conhecimentos relativos aos RH pelos profissionais de saúde da UHB
    Publication . Nascimento, Luís; Deusdado, Sérgio; Fernandes, M.; Moura, Sandra Cristina Mendo; Oliveira, T.
    O presente estudo foi realizado em Bragança, tendo como objectivo, avaliar os conhecimentos dos profissionais de saúde da Unidade Hospitalar de Bragança (UHB) relativamente aos resíduos hospitalares (RH), no seguimento da unidade curricular Métodos e Técnicas de Investigação da Licenciatura em Farmácia da Escola Superior de Saúde de Bragança. Trata-se de um estudo descritivo, correlacional e de carácter exploratório. Os dados foram recolhidos por meio de inquéritos realizados pelos constituintes deste grupo de trabalho e foram distribuídos nos diferentes serviços da UHB, sendo o tipo de amostragem feita de modo aleatório, estratificado e por conveniência. A dimensão da amostra correspondeu a 15% dos profissionais de saúde da referente instituição, mas a amostra pretendida era de 30%. O objectivo deste estudo é analisar se na UHB, a triagem de resíduos é devidamente efectuada cumprindo todas as normas de segurança e legislação em vigor, por todos os profissionais de saúde, e se estes, receberam formação suficiente acerca deste tema, saber também se existe alguma relação entre “profissão”/“tempo de serviço” com a “triagem em cada serviço”, o que se revela tão importante nos nossos dias para bem de todos os profissionais, utentes e população em geral, assim como para a preservação a nível ambiental. Assim pode dizer-se que é necessário promover mais acções de formação, por parte de Unidade Hospitalar de Bragança para os profissionais que contactam diariamente com estes resíduos, de modo a não suscitarem dúvidas, que os possam levar a cometer erros. Tais erros trazem custos à Instituição em causa, uma vez que, quando se coloca o resíduo no recipiente errado, paga-se mais para efectuar a triagem. É também uma lacuna a colmatar pelos cursos superiores de saúde, uma vez que os profissionais deveriam trazer da faculdade alguma formação acerca deste assunto, essencialmente os enfermeiros, pois são eles quem mais contactam com os diversos tipos de resíduos hospitalares.
  • Efficient exact pattern-matching in proteomic sequences
    Publication . Deusdado, Sérgio; Carvalho, Paulo
    This paper proposes a novel algorithm for complete exact pattern-matching focusing the specificities of protein sequences (alphabet of 20 symbols) but, also highly efficient considering larger alphabets. The searching strategy uses large search windows allowing multiple alignments per iteration. A new filtering heuristic, named compatibility rule, contributed decisively to the efficiency improvement. The new algorithm’s performance is, on average, superior in comparison with its best-rated competitors.
  • O que é e para que serve a bioinformática?
    Publication . Deusdado, Sérgio
    A bioinformática é uma área interdisciplinar entre a biologia e a informática, adjuvada por contribuições multidisciplinares tais como: bioquímica, biofísica, matemática e bioestatística. A biologia provê as fontes de (bio)informação e a informática provê as bases de dados, os algoritmos e as aplicações informáticas para armazenar, tratar e extrair conhecimento da bioinformação.
  • ASAP: an automated system for scientific literature search in pubmed using web agentes
    Publication . Carvalhal, Carlos; Deusdado, Sérgio; Deusdado, Leonel
    In this paper we present ASAP - Automated Search with Agents in PubMed, a web-based service aiming to manage and automate scientific literature search in the PubMed database. The system allows the creation and management of web agents, specifically parameterized thematically and functionally, that automatically and periodically crawl the PubMed database, oriented to search and retrieve relevant results according the requirements provided by the user. The results, containing the publications list retrieved, are emailed to the agent owner weekly during the activity period programmed for the web agent. The ASAP service is devoted to help researchers, especially from the field of biomedicine and bioinformatics, in order to increase their productivity, and can be accessed at: http://esa.ipb.pt/~agentes.
  • Synchronous e-learning integrating multicast applications and adaptive QOS
    Publication . Deusdado, Sérgio; Carvalho, Paulo
    A new generation of e-learning development, based on synchronous groupware applications integration, providing improved interactivity and pro-human relations, allows richer training experiences far beyond a virtual classroom. Despite WWW service evolution, e-conferencing multimedia applications remain “killer applications” and insensitive to resources degradation, in fact, the quality of service (QoS) provided by the network is still a limitation impairing their performance. Such applications have found in multicast technology an ally contributing for their efficient implementation and scalability. Additionally, considering QoS as design goal at application level becomes crucial for groupware development, enabling QoS proactivity to applications. The applications’ ability to adapt themselves dynamically according to the resources availability can be considered a quality factor. Tolerant real-time applications, such as videoconferences, are in the frontline to benefit from QoS adaptation. However, not all include adaptive technology is able to provide both end-system and network quality awareness. Adaptation, in these cases, can be achieved by introducing a multiplatform middleware layer responsible for tutoring the applications’ resources (enabling adjudication or limitation) based on the available processing and networking capabilities. Congregating these technological contributions, an adaptive platform has been developed integrating public domain multicast tools, applied to a Web-based distance learning system. The system is user-centered (e-student), aiming at good pedagogical practices and proactive usability for multimedia and network resources. The services provided, including QoS adapted interactive multimedia multicast conferences (MMC), are fully integrated and transparent to end-users. QoS adaptation, when treated systematically in tolerant real-time applications, denotes advantages in group scalability and QoS sustainability in heterogeneous and unpredictable environments such as the Internet.
  • Passado, Presente e Futuro da Bioinformática
    Publication . Deusdado, Sérgio
    Nas últimas décadas do século XX os avanços científicos nos métodos experimentais em biologia molecular, e mais concretamente na sequenciação genómica , possibilitaram a acumulação de grandes volumes de dados biológicos primários. Da expansão da informação genómica resultou, por inerência, um expansão na informação proteómica e metabolómica. Toda esta informação despertou uma quantidade de investigadores e de esforços de investigação para desvendar o conhecimento intrínseco aos dados existentes, no intuito de compreender o funcionamento dos sistemas biológicos e assim extrair benefícios para as áreas da saúde e da biotecnologia, entre outras. A bioinformática revelou‐se essencial para o armazenamento, comunicação, processamento e estudo desses dados. Novos algoritmos, novas aplicações e novas formas de pensar a computação devem a sua origem à revolução da bioinformação, que teve um marco indelével na conclusão da sequenciação do genoma humano em 2001. Desde então, a evolução da bioinformática teve uma evolução só comparável à evolução dos próprios computadores, sendo que os volumes de informação biológica que são veiculados pelas redes da informação global, vulgo Internet, têm crescido exponencialmente, e ocupam na actualidade um lugar de destaque no tráfego da Internet. É previsível que da sequenciação dos organismos se passe rapidamente à sequenciação dos indivíduos, pelo que se projecta uma expansão ainda maior da bioinformática nas próximas décadas. A bioinformática será indispensável à maioria dos profissionais de saúde clínica, pois a raiz de muitas doenças está directamente relacionada com a forma como os nossos genes se expressam e pelas interacções entre os sistemas biológicos que os envolvem. A compreensão dessa problemática em tempo útil só é possível com a ajuda da bioinformática, que auxiliará decisivamente os profissionais de saúde no diagnóstico e na terapêutica de muitas doenças complexas, como é o caso do cancro. Na era pós‐genómica o grande desafio encontra‐se na interpretação e na extracção de conhecimento dos dados biológicos. A bioinformática terá de se "democratrizar" e de vencer o desafio da integração. É uma tarefa muito complexa e previsivelmente demorada, que envolverá uma quantidade muito significativa de investigadores e de investimento científico, mas indispensável na caminhada da evolução humana.
  • Experiments on computer assisted optimization of the escherichia coli fermentation process using Optferm
    Publication . Teixeira, Tânia; Deusdado, Sérgio
    We used the software Optferm to model and optimize the bioprocess of escherichia coli fermentation, simulating the conditions of a fed-batch bioreactor. The results, obtained by employing different AI approaches, provided useful orientation for nutrient feed strategies for increased productivity. In conclusion, we believe in silico tools can perform a rapid and valid optimization of bioprocesses avoiding expensive experiments.
  • Integração adaptativa de aplicações multicast para conferência multimédia
    Publication . Deusdado, Sérgio
    A Internet, sobretudo a nova geração, perfila-se como panaceia para as exigências de comunicação digital nos mais vastos domínios. Na educação, e particularmente no ensino à distância, a via da "webização" não ficou por explorar. À medida que o serviço WWW foi evoluindo, incorporaram-se ferramentas de conferência multimédia distribuída que fomentam a interactividade e as relações pró-humanas. As aplicações de comunicação em grupo são, cada vez mais, representativas no rol de aplicações que usam a Internet mas, insipientes em sustentar o seu desempenho devido a uma Qualidade de Serviço (QoS) limitada. Tais aplicações, encontraram na tecnologia multicast uma aliada para a sua implantação e escalabilidade. O suporte à tecnologia de difusão selectiva ou multicast encontra-se entre as directivas para a concepção de redes informáticas da nova geração. Sendo uma metodologia eficiente para comunicar em grupo, o multicast exponenciará o desenvolvimento futuro das tecnologias de interligação e aplicacionais. Apesar do tráfego de rede decrescer, a dimensão dos grupos e a heterogeneidade da Internet podem colocar problemas de escalabilidade. Em ambientes com recursos variáveis, compete às aplicações providenciar mecanismos de preservação da qualidade dos parâmetros críticos da comunicação em grupo. A capacidade de adaptação da QoS de uma aplicação em face dos recursos disponíveis é um factor de qualidade dessa mesma aplicação. As aplicações de tempo crítico tolerantes, como as videoconferências, são potenciais beneficiárias desta inovação, no entanto, nem todas incorporam tecnologia adaptativa que lhes permita um comportamento "consciente" perante a QoS prestada pela rede e pelo sistema final. A adaptação, nestes casos, pode ser lograda com recurso a uma camada de middleware multiplataforma, que tutelará a adjudicação ou limitação dos recursos de processamento e interligação disponíveis para as aplicações. No intuito de congregar todas estas contribuições tecnológicas, desenvolveu-se uma plataforma adaptativa integrando ferramentas multicast de domínio público, sendo esta aplicada a um sistema de educação à distância. Este sistema, baseado no serviço WWW, está centrado no cliente (e-aluno), privilegiando as boas práticas pedagógicas e a usabilidade pró-activa de meios telemáticos e multimediáticos. Os serviços disponibilizados, incluindo as conferências multimédia multicast (CMM) interactivas com QoS adaptada, são usáveis de forma integrada e transparente para o utilizador.
  • QoS adaptation in multimedia multicast conference applications for E-learning services
    Publication . Deusdado, Sérgio; Carvalho, Paulo
    The evolution of the World Wide Web service has incorporated new distributed multimedia conference applications, powering a new generation of e-learning development and allowing improved interactivity and prohuman relations. Groupware applications are increasingly representative in the Internet home applications market, however, the Quality of Service (QoS) provided by the network is still a limitation impairing their performance. Such applications have found, in multicast technology, an ally contributing for their efficient implementation and scalability. Additionally, considering QoS as a design goal at the application level becomes crucial for groupware development, enabling QoS productivity to applications. The applications’ ability to adapt themselves dynamically according to the resources availability can be considered a quality factor.Tolerant real-time applications, such as video conferences, are in the frontline to benefit from QoS adaptation. However, not all include adaptive technology able to provide both end-system and network quality awareness. Adaptation, in these cases, can be achieved by introducing a multiplatform middleware layer responsible for tutoring the applications’ resources (enabling adjudication or limitation) based on the available processing and networking capabilities. Congregating these technological contributions, an adaptive platform has been developed integrating public domain multicast tools, applied to a Web-based distance learning system. The system is user-centered (e-student), aiming at good pedagogical practices and proactive usability for multimedia and network resources. The services provided, including QoS adapted interactive multimedia multicast conferences (MMC), are fully integrated and transparent to end-users. QoS adaptation, when treated systematically in tolerant real-time applications, denotes advantages in group scalability and
  • Métodos eficientes para a detecção de padrões exactos (pattern-matching) em sequências biológicas
    Publication . Deusdado, Sérgio
    Os algoritmos de detecção de padrões (pattern-matching), sejam exactos ou aproximados, são fundamentais na maioria das aplicações orientadas à análise de sequências biológicas. Nesta comunicação apresenta-se um novo algoritmo, denominado DC, desenvolvido para a especificidade do pattern-matching exacto, bem como uma análise comparativa do seu desempenho. Conclui-se que o desempenho do novo algoritmo supera, em média, o dos seus concorrentes, atribuindo-se o ganho de eficiência, sobretudo, à introdução de uma nova regra de filtragem denominada regra de compatibilidade.