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Abstract(s)
Durante la última década, varias regiones del genoma de cloroplasto tales como atpF-H, matK, psbK-I, rbcL, ropC1, rpoB, trnH-psbA y trnL-F que son frequentemente usados en sistemática molecular de plantas han sido extensamente evaluados, y los genes rbcL y matK fueron seleccionados como códigos de barra de ADN para plantas por el Grupo de trabajo de plantas del Consorcio del Código de Barras de la Vida (CBOL). Desafortunadamente, estos dos genes no han podido completamente resolver la identificación de las especies en determinados grupos taxonómicos de plantas. Recientemente, el gen del cloroplasto ycf1 presenta dos regiones muy variables en plantas con flores, habiendo sido propuesto como un gen promisorio para ser usado como código de barras genético. En el Perú, 12 especies de Amaranthus (“kiwicha”) han sido reportadas, las cuales podrían producir híbridos interespecíficos haciendo la identificación inequívoca difícil en trabajos de colección, conservación y manejo de germoplasma,
siendo el método de código de barras de ADN una solución ante esta dificultad. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo es predecir y analizar las secuencias del gen ycf1 dentro de los genomas de cloroplastos disponibles en especies de Amaranthus para ser usado como código de barras de ADN. Para lograr este fin, las secuencias del gen ycf1 fueran predichas usando como referencia el gen ycf1 de Nicotina tabacum en los genomas del cloroplasto disponibles para Amaranthus caudatus, A. hypochondriacus y A. cruentus. Las
secuencias obtenidas fueron comparadas con secuencias de especies depositadas en el GENBANK para 10 familias de plantas. Las secuencias de los genes matK y rbcL, disponibles y recomendados por el CBOL, también fueron incluidos en este estudio. Topologías basadas en neighbor-joining (NJ) fueron llevadas a cabo para la representación gráfica de los patrones de divergencia de las secuencias de los genes entre especies. El modelo genético de distancia Kimura – dos parámetros fue usado para estimar la
divergencia nucleotídica. Todas las topologías NJ fueran soportadas con 1000 bootstraps. Los resultados indican que cuatro sitios polimórficos de la región considerada como códigos de barra del gen ycf1 permiten distinguir las especies dentro del género Amaranthus usados en este estudio, y como previos estudios esta región genómica tiene mayor nivel de discriminación que otros genes comúnmente utilizados y recomendados por el CBOL.
Description
Keywords
Amaranthus spp Código de barras de ADN Sitios polimórficos Gen ycf1
Citation
Chávez-Galarza, Julio; Henriques, Dora; Pinto, M. Alice; Zorrilla, C. (2017). Evaluando el uso potencial del gen ycf1 como código de barras en Amaranthus spp. In VI Congreso Mundial de la Quinua y III Simposio Internacional de Granos Andinos. Puno, Perú.